Доменная структура белка pdxt_bacsu по данным PFAM

Доменная структура белка PDXT_BACSU
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
(по-русски! и желательно с кратким пояснением)		 Положение в последовательности белка XXXX_BACSU Клан
1. PF01174 SNO Семейство амидотрансфераз SNO. Члены этого семейства участвуют в пути биосинтеза пиридоксина. Это семейство описывает субъединицу PDXT Пиридоксаль-5'-фосфат синтазы, которая гидролизует глутамин до глутамата и аммиака и передает последний на субъединицу PDXS. 6–189 Клан Glutaminase_I (CL0014), содержит 13 семейств, у двух неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF)


Информация о домене SNO
Домен входит в 6 разных архитектур.
Последовательность известна для 1876 белков, содержащих домен.
Пространственная структура определена для 6 разных белков, содержащих домен.
Выравнивание фрагментов белков, содержащих домен можно посмотреть здесь

Частота встречаемости доменов одной архитектуры в разных таксонах по отдельности
Поскольку белок pdxt_bacsu содержит только один домен, была выбрана другая архитектура, содержащая тот же домен семейства SNO (PF01174) и один домен семейства SOR/SNZ (UPF0019), такая архитектура представлена на рисунке ниже.

Представленность домена PF01174 и UPF0019 в организмах разных таксонов

Таксон
Количество белков с доменом PF01174.
Количество белков с доменом UPF0019.
Эукариоты Зеленые растения 34 85
Грибы 147 156
Животные 8 11
Остальные эукариоты 28 35
Археи 131 138
Бактерии 1448 1545
Вирусы 0 0

Как мы видим, домены практически одинаково распространены, но домен UPF0019 распространен чуть больше (особенно среди бактерий, также заметны различия среди зеленых растений). Самое большое распространение домены получили среди бактерий, зато совсем отсутствуют у вирусов. Среди эукариот, в целом, встречаются гораздо реже, наибольшее распространение получили среди грибов.

Сравнение описания мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.


Самый короткий мотив PDXT_SNO_1 с кодом доступа PS01236 (IPR021196 PdxT/SNO family, conserved site) описан в банке Prosite.
Самый длинный мотив PTHR31559 (IPR002161Glutamine amidotransferase subunit PdxT) описан в банке Panther.
В Interpro нет интегрированы следующие подписи: IPR002161 Glutamine amidotransferase subunit PdxT и IPR021196PdxT/SNO family, conserved site.
Границы структурных доменов от границ доменов Pfam не практически не отличаются, лежат в пределах 6-189 аминокислотных остатков.