Геномные браузеры
UCSC
С помощью UCSC браузера была получена информация о гене, кодирующем белок BTF3_HUMAN. Результаты занесены в таблицу:
| короткое имя гена | BTF3 |
| полное имя гена | Homo sapiens basic transcription factor 3 |
| на какой цепи закодирован | + |
| в какой хромосоме находится | в 5-ой |
| к каким плечу и полосе принадлежит участок | chr5 (q13.2) |
| координаты гена в последовательности хромосомы | chr5:72,794,250-72,801,448 |
| сколько альтернативных продуктов закодировано в гене | 2 альтернативных транскрипта |
| вариант сплайсинга 1, число экзонов | 6 |
| вариант сплайсинга 1, длина продукта | 206 aa |
| вариант сплайсинга 2, число экзонов | 5 |
| вариант сплайсинга 2, длина продукта | 162 aa |
Также с помощью UCSC браузера было получено изображение окрестности данного гена из c треками:
- гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes),
- метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation),
- консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation),
- полиморфизмы (Common SNPs).
Рис.1. Окрестность гена BTF3.
Ensembl
С помощью сервиса Ensembl было построено выравнивание (сохранено в формате CLUSTAL) гена BTF3 человека с гомологичным геном шимпанзе и подсчитано число различий командой distmat с параметрами по умолчанию пакета EMBOSS:
1 2 0.00 1.04 homo_sapiens/1-7263 1 0.00 pan_troglodytes/1-7263 2
Здесь число 1,04 это количество замен на 100 нуклеотидов. Значение достаточно невелико, что свидетельствует о близком родстве последовательностей.
Если выбрать в Ensembl в меню слева Genetic Variation - Vatiation table, получим число полиморфизмов равное 3498