Нуклеотидные банки данных
Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS
С помощью SRS был получен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae.
REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218 REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184 REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620 REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933 REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874 REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161 REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940 REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643 REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888 REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751 REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816 REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177 REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431 REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333 REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291 REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066
Отдельно была изучена VIII хромосома.
| длина | генов | тРНК |
| 562643 | 297 | 11 |
VIII хромосома содержит:
– ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов; название gene="ECM29" координаты соответствующей CDS 40084..45690 – ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов; название gene="VMR1" координаты соответствующей CDS complement(27978..32756) – ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон; название gene="PTC7" координаты соответствующей CDS join(251101..251155,251249..252225) – ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон; название gene="RPS27B" координаты соответствующей CDS complement(join(147871..148116,148667..148669))
Получение последовательности, кодирующей заданный белок
Идентификатор белка в банке Swiss-Prot:P37528, в EMBL:D26185. С помощью команды:
entret embl:D26185
Была получена полная запись EMBL, в которой тегом CDS отмечены границы участка, кодирующего данный белок:
CDS 83568..84158 на прямой цепи
Последовательность данного участка была получена с помощью команды seqret с опцией -sask.