Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп
Укоренение в среднюю точку
Для работы было выбрано дерево, построенное в рамках занятия 2 методом Neighbour Joining Using BLOSUM62. Исследуемое дерево было переукорено в среднюю точку программой retree пакета PHYLIP. Программой был найден самый длинный путь между листьями. Середина этого пути принята за корень.
Переукорененное не отличается от исходного, но отличается от идеального.
Использование внешней группы
Дерево было реконструировано методом максимальной экономии с использованием в качестве внешней группы белка того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI). Выравнивание проводилось пограммой MUSCLE. Дерево строилось программой MEGA. В качестве корня указывалась ветвь, ведущая к E.Coli.
Нетривиальные ветви идеального дерева
{'BACSU', 'STAA1'}vs{'LACLM', 'LACAC', 'STRP1', 'CLOTE', 'FINM2'}
{'LACLM', 'STRP1'}vs{'LACAC', 'BACSU', 'CLOTE', 'STAA1', 'FINM2'}
{'CLOTE', 'FINM2'}vs{'LACLM', 'LACAC', 'BACSU', 'STAA1', 'STRP1'}
{'LACAC', 'LACLM', 'STRP1'}vs{'BACSU', 'CLOTE', 'STAA1', 'FINM2'}
Нетривиальные ветви реконструированного дерева
{'BACSU', 'LACAC', 'LACLM', 'STRP1'}vs{'CLOTE', 'STAA1', 'FINM2'}
{'BACSU', 'LACAC', 'LACLM', 'STAA1', 'STRP1'}vs{'CLOTE', 'FINM2'}
{'LACLM', 'STRP1'}vs{'LACAC', 'BACSU', 'CLOTE', 'STAA1', 'FINM2'}
{'LACAC', 'LACLM', 'STRP1'}vs{'BACSU', 'CLOTE', 'STAA1', 'FINM2'}
Ветви которые есть в идеальном дереве, но отсутствуют в реконструированном
{'CLOTE', 'FINM2'}vs{'LACLM', 'LACAC', 'BACSU', 'STAA1', 'STRP1'}
{'BACSU', 'STAA1'}vs{'LACLM', 'LACAC', 'STRP1', 'CLOTE', 'FINM2'}
Ветви которые есть в реконструированном дереве, но отсутствуют в идеальном
{'BACSU', 'LACAC', 'LACLM', 'STRP1'}vs{'CLOTE', 'STAA1', 'FINM2'}
Бутстрэп
Был проведен бутстрэп-анализ филогении исследуемых белков, с использованием метода Neighbour Joining using BLOSUM62 из программы MEGA. Число реплик равно 100.
Деревья, названные "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" не отличаются .
Неправильные ветви имеют меньшую поддержку, чем правильные. Так, нетривиальная ветвь {LACLM, STRP, LACAC}vs{BACSU,CLOTE,FINM2,STAA1} отсутствует в правильном дереве и при бутстрепе имеет минимальную поддержку.