Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп
Укоренение в среднюю точку
Для работы было выбрано дерево, построенное в рамках занятия 2 методом Neighbour Joining Using BLOSUM62. Исследуемое дерево было переукорено программой retree пакета PHYLIP.
Переукорененное не отличается от исходного, но отличается от идеального.
Использование внешней группы
Дерево было реконструировано методом максимальной экономии с использованием в качестве внешней группы белка того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI). Выравнивание проводилось пограммой MUSCLE. Дерево строилось программой MEGA. В качестве корня указывалась ветвь, ведущая к E.Coli.
Бутстрэп
Был проведен бутстрэп-анализ филогении исследуемых белков, с использованием метода Neighbour Joining using BLOSUM62 из программы MEGA. Число реплик равно 100.
Деревья, названные "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" не отличаются