Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья. содержащие паралоги
Построение дерева по нуклеотидным последовательностям
Для работы были найдены характеристики РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA) каждой из исследуемых бактерий.
| № | Название | Мнемоника | AC EMBLE | Координаты | Цепь |
| 1 | Bacillus subtilis | BACSU | AF008220 | 485-2034 | Прямая |
| 2 | Clostridium tetani | CLOTE | AE015927 | 8715-10223 | Прямая |
| 3 | Finegoldia magna | FINM2 | AP008971 | 611796-613319 | Прямая |
| 4 | Lactobacillus acidophilus | LACAC | CP002559 | 447399..448973 | Прямая |
| 5 | Lactococcus lactis | LACLM | AM406671 | 511423..512971 | Прямая |
| 6 | Staphylococcus aureus | STAA1 | AP009324 | 531922:533476 | Прямая |
| 7 | Streptococcus pyogenes | STRP1 | AE004092 | 17170..18504 | Прямая |
Последовательности РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA) были получены из соответствующих записей EMBLE с помощью команды seqret пакета EMBOSS. После чего было построено их выравнивание программой MUSCLE. В программе MEGA с помощью метода Max likelihood было реконструировано филогенетическое дерево.
Дерево норм
Построение и анализ дерева, содержащего паралоги
Был осуществлен поиск программой blastp гомологов (с порогом E-value 0,001). Из результатов поиска были отобраны по мнемонике видов только те находки, которые относятся к отобранным ранее бактериям. Затем по полученному программой MUSCLE выравниванию было построено дерево в программе MEGA с помощью метода Max likelihood.
