Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)
Для работы был выбран фермент бета-N-гаксоаминидаза из бактерии Bacillus subtilis. PDB индентификатор этого белка 3bmx. Его структура имеет достаточно хорошее разрешение в 1.4 ангстрем.
Средствами PyMol были получены изображения электронной плотности для этой структуры на разных уровнях подрезки.
Рис.1. Электронная плотность структуры 3bmx на разных уровнях подрезки. Уровни подрезки 1, 2 и 3 сверху вниз соответственно.
Затем были рассмотрены отдельные остатки: GLU 94, ILE 125 и PRO 175.
Рис.2. Электронная плотность остатка GLU 94 структуры 3bmx на разных уровнях подрезки. Уровни подрезки 1, 2 и 3 слева направо соответственно.
Рис.3. Электронная плотность остатка ILE 125 структуры 3bmx на разных уровнях подрезки. Уровни подрезки 1, 2 и 3 сверху вниз соответственно.
Рис.4. Электронная плотность остатка PRO 175 структуры 3bmx на разных уровнях подрезки. Уровни подрезки 1, 2 и 3 слева направо соответственно.
Из рисунков видно, что при уменьшении уровня подрезки могут исчезать некоторые области электронной плотности. В первую очередь они начинают пропадать в участках соответствующих ковалентным связям. Таким образом, сгущения электронной плотности соответствуют координатам атомов.