#.......# 
 S.......S 
  T.....E 
    R.Q 
     U 
    E.C 
  N.....T 
 C.......U 
 #.......R
  E.....E 
    S.S 
    

      Services:
  SheeP
  ArchiP
  MotAn
  MotiS
  YADD
  ProtOn
  ProTop

  Documentation
  Download
  License
  About

      Planned services:
  MBA
  Tools

SheeP
Sheet Puzzle (ver. 2.3)
SheeP displays schemes of β-sheet called draws β-sheet maps
Older version of SheeP is available
.
Outline of SheeP algorithm: 1. Protein structure in PDB format is taken as input. 2. Secondary structures are detected. 3. β-sheet maps are created. 4. Maps are modified.

Select contacts of sheet sht_

 

Job done!
Status: maps builded
File name: beta.pdb
Output:
 Show sheet maps help
Color sheet sides:
     by Cα → Cβ direction
     by Cα location (up or down the sheet)

hide contacts
help
   Download results:  XMAP (XML)  Reports  Maps  Script  Everything
Sheet sht_0, map_0 You can mark contacts or  flip rows or columns
           237   236     
   pro130:E glu129:E phe128:E val127:E ala126:E val125:E glu124:E    
lys140:E ala141:E thr142:E leu143:E val144:E cys145:E leu146:E ala147:E thr148:E    
ser197:E val196:E arg195:E leu194:E arg193:E ser192:E ser191:E leu190:E ser189:E tyr188:E arg187:E ser186:E
    gly169:E val170:E ser171:E thr172:E asp173:E pro176:E leu177:E lys178:E glu179:E gln180:E

Sheet sht_1, map_1  You can mark contacts or  flip rows or columns
        126   125     
gly241:E trp240:E ala239:E glu238:E ala237:E ser236:E val235:E ile234:E gln233:E thr232:E
asn206:E his207:E phe208:E arg209:E cys210:E gln211:E val212:E gln213:E phe214:E tyr215:E
  asn162:E val161:E trp160:E trp159:E ser158:E leu157:E glu156:E val155:E his154:E

Beta-sheets
sht_idmap_idsadjust_alpha_layer_redadjust_alpha_layer_yellow
 sht_0 map_0  
 sht_1 map_1  


Contact: evaksianov@gmail.com
Please, cite: Aksianov E., Alexeevski A. SheeP: A Tool for Description of β-Sheets in Protein 3D Structures. J. Bioinform. Comput. Biol. 2012. 10(2).

© Evgeniy Aksianov

Work on this service is supported by Russian Foundation of Basic Research, grants 13-07-00969 and 14-04-31709_mol_a.