Я сделала выбор в пользу Danio rerio - лучепёрой рыбы, являющейся модельным организмом. Думаю, работать с этим объектом будет интересно, так как он детально изучен. У Danio rerio 25 хромосом (+MT DNA, митохондриальная ДНК).
Мой поисковый запрос - Danio rerio, было найдено 17 сборок генома. Моя сборка стояла первой в списке,
она отмечена как референсная (других референсных сборок нет). Это означает, что данная сборка
является эталонной - она отобрана вручную, NCBI и сообщество отметили её как «стандарт», с которым
сравниваются все остальные сборки.
Уровень сборки - Chromosome, т.е. в базе данных имеется последовательность одной или нескольких
хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без пробелов или хромосома, содержащая
каркасы или контиги с пробелами между ними.
| GenBank assembly accession | GCA_000002035.4 |
| RefSeq assembly accession | GCF_000002035.6 |
| Общий размер генома | 1 373 454 788 (1.4 Gb) | Number of scaffolds | 1,917 |
| Scaffold N50 | 7 379 053 (7.4 Mb) |
| Scaffold L50 | 44 |
| Number of contigs | 19,725 |
| Contig N50 | 1 422 317 (1.4 Mb) |
| Contig L50 | 219 |
*N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в
контигах такой и большей длины (при том, что все контиги упорядочены)
L50: Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех
нуклеотидов сборки (при том, что все контиги упорядочены)
Дополнительно мною была скачана информация о моей сборке:
1. Нуклеотидные последовательности генома (из GenBank и RefSeq)
2. Последовательности белков protein.zip
3. Последовательности генома с аннотацией seq_annot.zip