Реконструкция филогении

Мнемоника функции белков: PURA

Я составила список идентификаторов белков по схеме: PURA_ACICJ, PURA_AROAE, PURA_HAEIN, PURA_PARDP, PURA_POLAQ, PURA_ROSDO, PURA_YERPE
Поиск проводила тут: форма загрузки из Uniprot.
Далее сохранила файлы в единый fasta: лежит тут.
Отредактировала файл, оставив после ‘>’ только мнемонику вида бактерии

Далее я провела реконструкцию филогении тремя способами: MAFFT → FastME, MAFFT → TNT, MAFFT → PhyML.
FastME — минимальная эволюция, TNT — максимальная экономия, PhyML — максимальное правдоподобие.

Ниже приведены деревья.

1
Рис. 1. Дерево, построенное алгоритмом FastME.
1
Рис. 2. Дерево, построенное алгоритмом FastME и укорененное в среднюю точку.
1
Рис. 3. Дерево, построенное алгоритмом TNT.
1
Рис. 4. Дерево, построенное алгоритмом PhyML.
1
Рис. 5. Дерево, построенное алгоритмом PhyML и укорененное в среднюю точку.