В файл 7taxs.fasta (практикум 2) была добавлена последовательность белка PURA_BACSU. Файл превратился в 8taxs.fasta.
Далее в NGPhylogeny было построено дерево (по алгоритму ‘MAFFT —> FastME’). Дополнительно я воспользовалась алгоритмом MAFFT —> TNT, переукоренение привело к тому же результату. Деревья ниже.
Рис. 1. Дерево с внешней группой (мнемоника BACSU), построенное алгоритмом FastME (исходное).
Рис. 2. Дерево с внешней группой (мнемоника BACSU), построенное алгоритмом FastME и укорененное посредством внешней группы.
Рис. 3. Дерево с внешней группой (мнемоника BACSU), построенное алгоритмом TNT (исходное).
Рис. 4. Дерево с внешней группой (мнемоника BACSU), построенное алгоритмом TNT и укорененное посредством внешней группы.
Бутстреп
Конвейер: MAFFT —> FastME. Число реплик: 100.
Рис. 5. Дерево, построенное алгоритмом FastME, укорененное в среднюю точку, с поддержкой ветвей.
Построение дерева по нуклеотидным последовательностям
Последовательности нуклеотидов (16S рРНК) выбранных организмов находятся тут.
Newick формула тут.
Рис. 6. Дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям 16S рРНК алгоритмом PhyML и укорененное в среднюю точку.
