В этом практикуме рассматривалось множественное выравнивание, полученное из вероятных гомологов, найденных с помощью BLAST. Из изначального выравнивания по описанному в задании алгоритму были удалены избыточные последовательности (percentage identity threshold:90%). Далее в 39 оставшихся последовательностях были найдены и выделены консервативные блоки. Консервативными блоками считались те блоки, в которых: 1. Не содержится гэпов. 2. Длина - не менее 4 колонок. 3. Первая и последняя колонки - абсолютно консервативны или абсолютно функционально консервативны. 4. Процент абсолютно консервативных колонок не меньше 35% 5. Не содержит более 10 колонок, не являющихся абсолютно консервативными или абсолютно функционально консервативными, подряд. 6. Не может быть расширен без нарушения предыдущих свойств. В выравнивании были выделены 4 таких консервативных блока. Так как консервативные блоки находятся относительно на небольшом расстоянии друг от друга (в среднем - около 21 а.к.), имеют достаточно много колонок, присутствуют в большом количестве (в состав консервативных блоков входит почти 50% а.к. последовательностей), можно предположить, что последовательности из выравнивания являются гомологичными.
Множественное выравнивание