Файлы протеомов бактерий Escherichia coli (strain K12) и Salinispora tropica (strain ATCC BAA-916 / DSM 44818 / CNB-440) были загруженыв в fasta-формате .Данные о количестве последовательностей получены с помощью команд Bash "grep -c '>' E.coli.fasta" и "grep -c '>' S.tropica.fasta" и указаны в Таблице 1.
| Организм | Идентификатор протеома | Количество последовательностей |
|---|---|---|
| Salinispora tropica (strain ATCC BAA-916 / DSM 44818 / CNB-440) | UP000000235 | 4,522 |
| Escherichia coli (strain K12) | UP000000625 | 4352 |
Частота встречаемости аминокислотных остатков в протеомах бактерий расчитана и приведена в формате html-таблицы с помощью кода Python3.6 (ссылка внизу страницы). Предварительно, на основе fasta-файлов протеомов были созданы wordcount-файлы (pr7testecoli.txt и pr7teststropica.txt) при помощи команд пакета EMBOSS: "wordcount E.coli.fasta -wordsize 1 -outfile pr7testecoli.txt" и "wordcount S.tropica.fasta -wordsize 1 -outfile pr7teststropica.txt". Полученные с помощью кода данные о суммарном количестве аминокислотных остатков и о частотах остатков в протеомах указаны в Таблице 2.
| Остаток | Содержание в протеоме S. tropica | Содержание в протеоме E. coli | Разность |
|---|---|---|---|
| A | 13.586 | 9.507 | 4.079 |
| L | 10.527 | 10.676 | -0.149 |
| G | 9.328 | 7.366 | 1.962 |
| V | 9.042 | 7.07 | 1.972 |
| R | 8.431 | 5.521 | 2.91 |
| T | 6.302 | 5.395 | 0.907 |
| P | 6.227 | 4.429 | 1.798 |
| D | 5.952 | 5.147 | 0.805 |
| E | 5.232 | 5.762 | -0.53 |
| S | 4.967 | 5.799 | -0.832 |
| I | 3.291 | 6.012 | -2.721 |
| Q | 2.908 | 4.443 | -1.535 |
| F | 2.624 | 3.894 | -1.27 |
| H | 2.208 | 2.269 | -0.061 |
| Y | 2.016 | 2.845 | -0.829 |
| N | 1.837 | 3.938 | -2.101 |
| M | 1.629 | 2.825 | -1.196 |
| W | 1.558 | 1.532 | 0.026 |
| K | 1.546 | 4.407 | -2.861 |
| C | 0.79 | 1.162 | -0.372 |
| Общее число аминокислот | 1517537 | 1353354 | 164183 |
В Таблице 2 не были указаны 3 остатка селеноцистеина (U) у E. coli. Наиболее часто встречающиеся остатки у обеих бактерий - аланин (A), лейцин (L), глицин (G). Самыми редко встречающимися в обоих протемах являются цистеин (C), триптофан (W) и лизин (K). Сильнее всего различаются содержания аланина (А, 4.079%) в пользу S. tropica и лизина (K, -2.861%) в пользу E. coli. Можно сделать вывод, что содержания аминокислотных остатков E. coli и S. tropica не имеют разительных отличий между собой.
Ссылка на код