Экспериментальная структура Для А-формы - 3v9d; 8 основание на A-цепи, аденин. В сторону большой бороздки обращены атомы: C6, N6, C5, N7. В сторону малой бороздки обращены атомы: C2, N3, C4, N9.
Ссылки на файлы: А-форма, B-форма, Z-форма.
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (ангстрем) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7.9825826 [DG]29:B.P #575 - [DA]6:A.P #105 |
17.213354 [DA]30:B.P #597 - [DC]8:A.P #146 |
7,20 [DG]9:A.P #165 - [DG]35:B.P |
| Ширина малой бороздки | 16.81168 [DC]40:B.P #802 - [DT]3:A.P #44 |
11.693727 [DG]5:A.P #83 - [DC]40:B.P #802 |
18,30 [DC]12:A.P #228 - [DC]26:B.P |
Значения для углов взяты из файлов *.out, полученных с помощью программы analyze. Для тРНК (pdb id = 2CV0) все значения были посчитаны при помощи Exel.
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| tRNA 1 string | -41.7 | 62.9 | 47.2 | 86.3 | -131.9 | -130.1 | -133.6 |
| tRNA 2 string | -39.6 | 74.0 | 47.7 | 85.9 | -133.4 | -50.6 | -146.8 |
| A | -51.7 | 174.8 | 41.7 | 79.1 | -147.8 | -75.1 | -157.2 |
| B | -29.9 | 136.35 | 31.15 | 143.35 | -140.8 | -160.5 | -98.0 |
В файле 0cv2_old.out в разделе "RMSD of the bases" есть информация по водородным связям между основаниями. В списке были выделены 4 длинных тяжа с каноническими взаимодействиями:
Неканонические пары оснований (строка 200: "Note: This structure contains 7[7] non-Watson-Crick base-pairs." )
Комплементарная пара 519_:[..G]G-----C[..C]:.556_ не относится к стеблям. Следовательно, можно предположить, что она стабилизирует третичную структуру молекулы.