1.1 Филогенетические деревья

Расшифровка

А. Дерево в строчном формате newick

((((STRP1, STRPN), LACDA), ((STAAR, (LISMO, (GEOCA, BASCU))))), CLOTE);

B. Изображение дерева

Нетривиальные ветви

1. 1 {GEOKA, BASCU} vs {STRP1, STRPN, LISMO, STAAR, CLOTE, LACDA}
2. 2 {GEOKA, BASCU, LISMO} vs {STRP1, STRPN, STAAR, CLOTE, LACDA}
3. 3 {GEOKA, BASCU, LISMO, STAAR} vs {STRP1, STRPN, CLOTE, LACDA}
4. 4 {GEOKA, BASCU, LISMO, STAAR, CLOTE} vs {STRP1, STRPN, LACDA}
5. 5 {GEOKA, BASCU, LISMO, STAAR, CLOTE, LACDA} vs {STRP1, STRPN}

1.2 Реконструкция филогении

Расшифровка

Таблица 1. Выбранные виды

Название	Мнемоника	Классификация
Streptococcus pneumoniae serotype 4	STRP1N	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus	LACDA	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus; Lactobacillus delbrueckii
Enterococcus faecalis	STAAR	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Geobacillus kaustophilus	GEOKA	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus; Geobacillus thermoleovorans group
Listeria monocytogenes serovar 1/2a	LISMO	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria; Listeria monocytogenes
Clostridium tetani	CLOTE	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Streptococcus pyogenes serotype M1	STRP1	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pyogenes

Таксоны для нетривиальных ветвей по порядку:
1 Bacillaceae
2 Bacillales
3 Bacillales
4 Lactobacillales
5 Streptococcus


Выравнивание белка PTH

Minimum evolution



Maximum likelihood



Neighbour-joining

NJ tree ME tree ML tree