Часть 1 - GO Enrichment Analysis
Название файла с ID - list1.txt и количество ID в списке - 38.
38 (6-Multiple mapping information) ID участвовало в результате в анализе обогащения.
133 GO terms оказалось в выдаче. Скорее всего, есть поправка на множественное тестирование и берутся только находки с FDR P < 0.05.
На графике видно, что узлы полученного графа соединены линиями Is a, Part of и Regulates. Выбранные GO terms регулируют обмен липидов в организме.
Часть 2 – Human Protein Atlas
Я выбрал SDC1 - Syndecan 1. Белок, кодируемый этим геном, представляет собой трансмембранный (тип I) гепарансульфат протеогликан и относится к семейству синдекановых протеогликанов. Синдеканы отвечают за связывание клеток, передачу сигналов клетке и организацию ее цитоскелета, а рецепторы синдекана необходимы для интернализации белка tat ВИЧ-1. Белок синдекан-1 функционирует как целостный мембранный белок и участвует в пролиферации клеток, миграции клеток и взаимодействиях клеток с клеточным матриксом через свой рецептор белков внеклеточного матрикса. Измененная экспрессия синдекана-1 была обнаружена в нескольких различных типах опухолей. Хотя для этого гена может существовать несколько вариантов транскриптов, полноразмерные аналоги только двух были описаны до настоящего времени. Они представляют собой основные варианты этого гена и кодируют один и тот же белок.
Специфичен ID для мозжечка и обонятельных долей у мышей и не региоспецифичен у людей. У свиней региоспецифичность не определена.
Обладает специфической субклеточной локализацией (сайты очаговой адгезии). Немного различается по экспрессии РНК и белка (печень, почки, лимфатическая и мужская половая системы).
SDC1 экспрессируется в печени и плаценте, если рассматривать его как РНК (картинка consensus dataset).
