Из генома Betacoronavirus Erinaceus/VMC/DEU/2012 (AC:KC545386.1) были вырезаны последовательности с -9 до 4 позиции для всех генов, там где должны быть последовательности Козак. Было получено Logo этих последовательностей.
Как видно из сравнения Logo последовательности Козак вируса и человека, они различаются по составу, вероятно из-за того, что хозяином данного вируса - ёж. Затем была взяты upstream последовательности из предыдущего практикума и обработаны программой FIMO для обнаружения и оценки мотивов. Снизу на картинке можно увидеть вывод FIMO.
Также были получены выдачи FIMO с теми же мотивами для генома вируса другого вида - Bat coronavirus HKU5-1 и другого подрода - Dromedary camel coronavirus HKU23 ( картинка снизу). В NCBI не оказалось геномов вирусов других штаммов Betacoronavirus Erinaceus. Для вируса другого вида не было найдено находок с p-value < 0.0001. У вируса другого подрода было найдено 4 находоки и все координаты различались.
