1. Анализ структуры белка с лигандом в PyMOL

Бета-субъединица потенциал зависимого калиевого канала ускоряет закрытие гетеромерных каналов, образованных KCNA1 и KCNA4 (подсемейства калиевых каналов)(PubMed: 17156368) и является оксидоредуктазой. Окисление связанного НАДФН (лиганда) сильно снижает инактивацию калиевых каналов по N-типу (N-концевой домен бета-субъединицы опосредует закрытие калиевых каналов, физически блокируя поры).

Ярко-розовым по углероду покрашены остатки, взаимодействующие с лигандом. Водородные связи (синие) с остатками серина, глутамина, аспарагина, лизина, аргинина плотно удерживают лиганд в кармане, а П-П-стекинг (желтые) с TRP 243 и T-стекинг (красное) с TRP 57 выполняют координирующую функцию.

image Ссылка на сессию

Источники

Gulbis, J. M. (2000). Structure of the Cytoplasmic beta Subunit--T1 Assembly of Voltage-Dependent K+ Channels. Science, 289(5476), 123–127. doi:10.1126/science.289.5476.123