Нам была предложена структура 7KR0 и остаток GLU 114, у которого есть 2 альт-лока. Альт-лок А (рис.1) имеет водородную связь (синий) и солевой мостик (желтый) с LYS 110 (c его А и В альт-локами), в то время, как альт-лок В (рис.2) имеет только водородную связь с ASN 117. Скорее всего, альт-лок А более стабилен, что соотносится с его большей населенностью по отношению к альт-локу В (0.55 у А и 0.45 у В).
Рис. 1. Альт-лок А.
Рис. 2. Альт-лок B.
На рисунке 3 приведен остов белка структуры 7KR0, раскрашенный по величине B-фактора. Внутренние части глобулы раскрашены синим, а многие наружные – желтым и оранжевым, так как наружные фрагменты более подвижны, что и дает такое высокое значение неопределенности электронной плотности.
Рис. 3. Остов белка, раскрашенный по величине B-фактора.
На рисунках 4, 5 представлен один из остатков с относительно высоким значением b-фактора – LYS-31. Он располагается на поверхности глобулы и имеет 2 альт-лока, почти полностью налагающиеся друг на друга (на рисунках – ЭП на уровнях подрезки 1 (рис. 4) и 2 (рис. 5); на уровне 1 у радикала отображается ЭП всего радикала; на уровне 2 пропало ЭП для углеродов CE, CD и азота NZ). ЭП остова сохраняется на этих уровнях подрезки.
Рис. 4. ЭП LYS-31 на уровнях подрезки 1.
Рис. 5. ЭП LYS-31 на уровнях подрезки 2.
На рис 6,7 изображены соседи белка. На рис. 6 избражены соседи на уровне подрезки 10, на рис.7 – контактирующие с изучаемым белком водородными связями, их оказалось 6 из 17.
Рис. 6. Соседи на уровне подрезки 10
Рис. 7. Соседи, непосредственно контактирующие с изучаемым белком.