База данных PROSITE содержит коллекцию сайтов, мотивов и доменов, которые описаны с помощью паттерна или профиля-PSSM.

I.

С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) найдено 5 известных мотивов в последовательности LacI_Ecoli.

* - часто встречающиеся в белках мотивы

** - паттерн мотива, для которого в PROSITE содержится и профиль.

II.

Среди найденных паттернов был выбран один, длиной примерно 10-20 позиций, на основе которого был приведен пример аминокислотной последовательности, (которая идеально соответсвует условиям исходного паттерна) но не такой, как в исходной последовательности.

выбран патерн PS00356 (PDOC00366 LacI-type HTH domain signature and profile).

Мотив : LyDVAeyAgVSyqTVsrVV

Патерн : [LIVM]-x-[DE]-[LIVM]-A-x(2)-[STAGV]-x-V-[GSTP]-x(2)- [STAG]-[LIVMA]-x(2)-[LIVMFYAN]-[LIVMC]

Придуманная последовательность: VEDIAMMTGVPSSGAIIFC .