Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release 28.02.04
Описание процедуры составления выборки
Для поиска белков со сходными функциями мы использовали поисковую систему SRS, поиск проводился на веб-сервере http://srs.ebi.ac.uk в банках Swiss-Prot и UniProt. в поле DE(description) писали функцию белка ,поиск вели сначала только среди организмов Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae (их названия указываем в поле Species через "|"), а потом расширяем выборку,что бы найти белки с той же функцией,но с ограничением таксономии(для этого в поле Taxonomy устанавливаем условие поиска): в результате сходные белки были найдены среди грам-положительных бактерий(1 шт.) и среди других бактерий кроме гамма-протеобактерий и грам-положительных бактерий(1 шт.),а у архей и эукариот сходных белков не обнаружено.
Описание выборки
Основным критерием является совпадение функции белка . В выборку включены все белки,которые нашлись(их было всего 3 кроме исходного).из них 1 содержится в организме из того же семейства(т.е. он скорее всего гомолог),еще один у организма ,так же относящегося к группе протеобактерий как и E.coli,
а 3-ий даже оказался среди грам-положительных бактерий(т.е. это наиболее дальние родственники,давно разошедшиеся гомологи)
