Факультет биоинженерии и биоинформатики,
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова,
г.Москва,Российская Федерация
Резюме:
Helicobacter bizzozeronii - бактерия, которая возможно
участвует в процессе развития болезней желудочно - кишечного тракта.
Изучение её генома может ответить на некоторые вопросы, связанные с возникновением
гастрита и подобных недугов. Именно поэтому мой обзор может нести практический смысл.
Несколько слов о ней:
Это грамотрицательная бактерия. Она найдена у людей, с гастритом, язвой желудка и прочими похожими недугами.
Бактерии H. bizzozeronii обнаруживаются в желудках их естественных хозяев а именно- кошки, собаки, лисы и рыси,
а также в слюне собак. Исследования говорят, что дети могут подхватывать этот недуг от домашних животных.
От этого клопа можно избавиться с помощью обыкновенного ингибитора протонной помпы + антибиотик.
Helicobacter bizzozeronii относится к роду Helicobacter, который входит в семейство Helicobacteraceae, порядок Campylobacterales,
класс Epsilonproteobacteria, тип Proteobacteria, царство Бактерии.
Длина бактерии от 5 до 10 мкм, ширина около 0,3 мкм. Клетки Helicobacter bizzozeronii имеют от 10 до 20 биполярных флагелл.
Helicobacter bizzozeronii
Методы:
Были использованы следующие методы работы с электронными
таблицами:
●Данные о бактерии взяты из источников, указанных в конце работы
●Все диаграммы были сделаны с помощью гугл таблицы(ссылка в описании)
●Длины белков были рассчитаны с помощью функции “=СЧЁТЕСЛИМН”
●Расположение генов на ДНК(прямая и обратная цепи)(2 пункт), а также расположение на плазмиде или хромосоме(4 пункт)
были сделано с помощью функции “=СУММ”
●В 4 пункте с помощью сложения переменных и деления на 2 считается среднее арифметическое
Результаты:
1.Гистограмма длин белков
Рисунок 1. Длины белков
У Helicobacter bizzozeronii белки имеют длину от 72 до 8727 аминокислот.
Исходя из диаграммы можно утверждать, что в геноме преобладают белки длиной 100-1500 аминокислот.
Общее количество белков - 1999.
Средняя длина белка - 830,1
Среднее квадратичное отклонение - 646,22
2.Расположение генов на ДНК
Рисунок 2. Соотношение генов по цепям
Красным обозначена прямая цепь(+)
Синим - обратная(-)
Всего было 1999 генов, из них 1016 на прямой, а 983 - на обратной.
С помощью функции BINOM.DIST получается 0,133 , что означает ,что гены вероятно
расположены случайным образом между двумя цепями ДНК.
3.Классы белков
Рисунок 3. Класы белков
Возможно, на диаграмме видно только 2 цвета, но их там 3.
Тонкая жёлтая полоска - это рРНК - всего лишь 4 последовательности из 1999.
Красная часть -тРНК - 36 различных последовательностей.
Большую часть генома составляют обычные белки(синий).
4.Где расположены гены
Рисунок 4. Расположение генов
Сравнивается число генов на бактериальной “хромосоме” и на плазмиде.
На хромосоме расположено в 25 раз больше генов.
С помощью построения диаграмм видно, что расстояние между генами преимущественно от -50
до 100 нуклеотидов. Отрицательное значение означает, что гены накладываются друг на друга.
Обсуждение результатов
Исследовав протеом Helicobacter bizzozeronii можно сделать несколько выводов - предположений:
У этой бактерии плавное распределение длин белков - распространённая длина: 100 - 1500.
То есть можно утверждать, то у Helicobacter bizzozeronii в геноме не преобладают белки “определённой длины” в
амплитуде 100-200 аминокислот.
Гены ( с большой вероятностью) случайно распределены между прямой и обратной цепями.
3) Из 1999 белков 40 кодируют рРнк и тРНК. Все остальные кодируют обычные белки.
4) Большинство генов расположено на бактериальной хромосоме, и лишь небольшая часть - 3,85 % (77 генов) - в плазмиде.
