Отличия между двумя разными выравниваниями одних и тех же двух (или более) последовательностей

Необходимо было сравнить 2 выранивания. Я взял белки из 10 практикума: KAD_BACSU и KAD_ECOLI
Также воспользовался друмя способами выравнивания - needle (глобальное) и muscle(множественное) с последующим удалением ненужных белков.

Сслыка на выравнивание needle

Проект Jalview с выравниванием muscle

Отличия выравниваний:

     1)Needle: E(187) : Y(191)       | Muscle: EAGNT(187-191) : GAPS

     2)Needle: A(188) : L(192)       | Muscle: K(192) : Y(191)

     3)Needle: G(189) : A(193)       | Muscle: Y(193) : L(192)

     4)Needle: N(190) : N(194)       | Muscle: A(194) : A(193)

     5)Needle: TKYAK(191-195) : GAPS | Muscle: K(195) : N(194)

Карта локального сходства двух белков. Сравнение с оптимальным локальным выравниванием

Взял цинковый палец человека(Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1) и цинковый палец Резуховидки Таля (Zinc finger protein JACKDAW {ECO:0000303|PubMed:17785527})

Лучшее локальное выравнивание:

Query  738  YKCTICGKAFLLESLLKNHVAAH  760
            + C IC K F  +  L+ H   H
Sbjct  82   FVCEICNKGFQRDQNLQLHRRGH  104

Было проведено выравнивание с помощью water: Сслыка
Основное отличие между выравниванием в water и Blast - размер выравниваемого участка. У water он в несколько раз больше. По карте выравнивания видно, что Blast взял участок, который отмечен линией снизу по середине. Участка взятого water на карте нет. Это говорит о разном характере оценивания возможных выравниваний и оценке различных "событий" при подборе наиболее хороших локальных участков.