Описание доменов белка в Pfam

Описание страницы в базе данных Pham:

Таблица 1. Характеристика домена

Название	LNR domain
ID	Notch
AC	PF00066
Функция	Участвует в сигналных каскадах, трансмембранные белки
Число последовательностей (full)	2944
Чичло Seed	140
Число архитектур	658
Дружественные домены	Stealth_CR2 Pregnancy-associated plasma protein-A
Число 3D структур	10
Встречаемость у видов	Эукариоты:440 видов 1305 последовательностей Бактерии: 724 вида 1266 последовательностей Археи: 3 вида 3 последовательности Вирусы: 2 вида 2 последовательности
Дата создания HMM профиля	Sat Aug 4 23:04:54 2018
Число позиций	177

Анализ выравнивания из Pfam

Я выбрал несколько белков с доменом из прошлого пункта ( были взяты белки приматов).
Необходимо было провести множественно выравнивание с помощью muscle и подкорректировать в Jalview
Начальный проект .jvp
Отредактированный проект в формате .msB
1) Участок, с консервативным доменом: 140 - 320

2) Домен, который есть не у всех белков: 665 - 700

3) Неконсервативный участок: 1705 - 1750

Поиск в Uniprot

Общее число находок - 3320, из них 22 в Swiss-Prot Запрос
Ссылка на все выполненные задания в таблице
Выводы: В Uniprot больше последовательностей, содержащих домен, чем в Pfam.
Домен из Prosite сообветствующий выбранному из Pfam - PS50297.