Задание 1
A- форма ДНК
B- форма ДНК
Z- форма ДНК
Задание 2
В сторону большой бороздки обращены атомы:7:A.C7; 7:A.C5; 7:A.C6; 7:A.C4; 7:A.O4
В сторону малой бороздки обращены атомы: 7:A.N1; 7:A.N3; 7:A.C2; 7:A.O2
| |
A-форма |
B-форма |
Z-форма |
| Тип спирали (правая или левая) |
Правая |
Правая |
Левая |
| Шаг спирали (Å) |
28.3 |
35.7 |
45,12 |
| Число оснований на виток |
11 |
10 |
12 |
| Ширина большой бороздки, A |
12,8 Р46 |
17,5 Р205 |
18,1 Р12 |
| Ширина малой бороздки, A |
15,8 Р36 |
9,8 Р106 |
8,2 Р157 |
Задание 3
Файл с торсионными углами
Разметка стеблей:
Ищем по файлу подряд идущие спаренные нуклеотиды. То есть:
(1-6) strand I - strand II (70-65)
(48-52) strand I - strand II (64-60)
(9-12) strand I - strand II (25-22)
(37-43) strand I - strand II (31-25)
Углы больше всего похожи на B-форму (delta и zeta)
Водородные связи
Неканонические пары: 15; 21; 25
Дополнительная водородная связь, стабилизирующие структуру:
28 (0.026) ....>B:.919_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.003)
