Предсказание вторичной структуры тРНК

Я воспользовался einverted для поиска инвертированных участков в нуклеотидной последовательности.
Вывод
Для удобства - вот что он выдал:

        EMBOSS_001: Score 23: 9/9 (100%) matches, 1 gaps
       1 tggggtatcg 10
         ||||||| ||
      71 accccat-gc 63
    

Для предсказания вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера я воспользовался web вариантом

Участок структуры	find_pair	einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-902-907-3' 5'-966-972-3' всего 6 пар	9 пар	7 пар (1 лишняя)
D-стебель	5'-910-912-3' 5'-923-925-3' 3 пары	-	3 пары
T-стебель	5'-961-965-3' 5'-949-953-3' 5 пар	-	5 пар (1 лишняя)
Антикодоновый стебель	5'-926-932-3' 5'-937-944-3' 7 пар	-	5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	11	9	19

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Задача:
1)Определить множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1).
2)Определить множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
3)Определить множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).
4)Создать скрипт-файл с определениями этих множеств.
Ссылка на скрипт
5)Создайтe скрипт-файл, вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
Ссылка на скрипт

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	1	18	19
остатками фосфорной кислоты	0	6	6
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	18	20	38
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Полученная популярная схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot: сслыка
Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК: ARG124(A)(взаимодействует с G10 и G54). Данная аминокислота взаимодействует сразу с 2 нуклеотидами и, как мне кажется, наиболее важна для распознавания последовательности ДНК.

Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - ARG180(B)(взаимодействует с G13 и G51)