Это последовательность ДНК, длиной 519 нуклеотидов, депонирования в банк последовательностей 24 апреля 2019 года. Она была секвенированна по Сенгеру.
Автор записи - Cherneva,I. Можно также отметить, что ДНК из организма была взята 5 августа 2017 года
В разделе FEATURES указано следующее:
/country="Russia: White Sea, Kandalaksha Bay, WSBS"
Это являеется свидетельством того, что последовательность получена на ББС.
Ген, из которого взят участок: субъединица 1 цитохром оксидазы. Ген, к слову, является митохондриальным.
С помощью простой программы было подсчитано, что в последовательности 298 А=Т и 221 C≡G пары.
Такое соотношение может быть связано с условиями окружающей среды, но не стоит отрицать, что это просто случайность.
Ген принадлежит Lineus clandestinus (тип Немертины).
2. Характеристика качества сборки генома эукариотического организма
Выбранный организм - Gallus gallus (Курица). Я взял домашнюю курицу, к слову, они являются самым распространённым видом птиц на Земле. Их
одомашнивание произошло 3500 лет до н.э. Сейчас их около 60 млрд... Рис 2. Курица Источник
Для неё существует 2 сборки генома: GRCg6a и Ogye1.0
Лучшая из них - GRCg6a.
AC из RefSeq - GCF_000002315.6
Уровень сборки - Chromosome.
Общая длина последовательности - 1,065,365,434 пар оснований.
Число контигов - 1,403. Число скэффолдов - 525.
N50 для контигов - 17,655,422. N50 для скэффолдов - 20,785,086.
L50 для контигов - 19. L50 для скэффолдов - 12.
Число аннотированных белков - 49660. Статья с описанием проекта. Последовательность одного из контигов.
3. Список полных геномов таксона коронавируса.
Полные геномы таксона Middle East respiratory syndrome-related (MERS) coronavirus были найдены по соответствующему запросу "MERS-CoV".
Статус "complete" имели 530 геномов (то есть они являются полными). Было выдано 2 генома из RefSeq: ASM281619v1 и
ViralProj183710. Я сначал таблицу, выбрав все необходимые колонки(и несколько дополнительных). Ссылка на .csv файл
4. CDS генома коронавируса
AC выбранного вируса - NC_038294
Название организма - Betacoronavirus England 1.
TaxID - 1263720.
Тип генома - ssRNA, линейный.
Хозяин - Homo sapiens. Файл с предположительно кодирующими белками (CDS). Чтобы скачать его, я нажал на "send to", и выбрав "coding sequences", скачал в формате "FASTA Nucleotide"
