Часть 1: GO Enrichment Analysis

1) Мне дали файл list4.txt
Там было 23 ID.
2) В анализе участвовали все ID:

3) GO terms в выдаче 119 штук. Именно столько находок имеют FDR меньше 0.05
4) Десять самых значимых находок Go terms:
1.cellular hormone metabolic process
2.steroid metabolic process
3.hormone metabolic process
4.steroid biosynthetic process
5.steroid hormone biosynthetic process
6.regulation of hormone levels
7.androgen metabolic process 8.hormone biosynthetic process
9.lipid metabolic process
10.lipid biosynthetic process
5) Картинка графа, где отмечены 5 самых значимых GO terms:

6) Все узлы связаны отношением "is a"
7) ID из моего списка объединяет то, что все они как-то связаны с гормонами, в частности 3 из 5 узлов на графе участвуют в метаболизме стероидов.

Часть 2: String

1) Полученный граф(как красиво!):

2) 3D структура есть у 21 белка (из 23)
3) Типы взаимодействий узлов моего графа (все они там есть, я проверил):


4) Консервативность ID моего списка:

Для эукариот это белки очень консервативны у Opisthokonta, хотя также и у других групп они тоже относительно консервативны. Наиболее неконсервативными у эукариот являются SULT1E1, STS, SRD5A3, SULT2B1.
У прокариот и архей похожая ситуация. Они имеют высокую гомологию, но всё же некоторые белки имеют мало гомологов в этих кладах: BCO2, SULT1E1, SRD5A1,SRD5A2, SRD5A3, SULT2B1.
5) Cовместная экспрессия ID моего списка:

У человека наблюдается высокая коэкспрессия AKR1C2 и AKR1C1. Также имеет место коэкспрессия AKR1C2 с AKR1C3, и AKR1C3 с AKR1C1.
Стало интересно, что это за AKR1C*, узнал что это всё Aldo-keto reductase family 1 C* (* - это 1,2,3).
У других видов наблюдается слабая совместная экспресиия(но она есть). Там много пар, их можно
наблюдать на изображении выше.

Часть 3: Human Protein Atlas

1) Я взял CYP17A1.
2) Этот ген кодирует один из белков суперсемейства ферментов цитохрома Р450. Белки цитохрома Р450 являются монооксигеназами, которые катализируют многие реакции, участвующие в метаболизме лекарств и синтезе холестерина, стероидов и других липидов.
3)У свиньи и мыши этот белок не специфичен для какого-то участка мозга. Тогда как у человека он более специфичен для базальных ганглиев

4)К сожалению внуклеточная специфичность не была обнаружена.

5)Некоторое количество РНК было обнаружено в мозге.
В большом количестве РНК и её белок обнаружены в эндокринных железах.
В мужских репродуктивных органах белка обнаружено больше чем РНК.

6)CYP17A1 экспересируется в надпочечниках, яичках, мозолистом теле и в базальных ядрах.