Поиск мотива сайта разрывной транскрипции sgRNA в геноме коронавируса HCoV-EMC/2012
Я выбрал геном HCoV-EMC/2012 (
Ссылка)
Ссылка на таблицу с upstream генов:
Ссылка
Ну и сами последовательности:
Ссылка
Вкинул эти последовательности в MEME. Получили три предполагаемых мотива, у первого из них E-value был равен 1.7e-004(это вроде очень хорошо)
Ссылка на текстовую выдачу MEME:
Ссылка
Расположение этого мотива на последовательностях:
9 из 9 последовательностей имеют мотив 5'-AACGAACT-3' или что-то близкое к нему (немного отличающееся), причем все эти находки имеют достаточно низкий
p-value. Думаю, что можно предположить, что этот мотив и есть мотив сайта разрывной транскрипции sgRNA.