Сайты рестрикции
Взял Arachidicoccus species BS20
Скачал геном в файл
Чтобы рассмотреть сайты рестрикции была использована команда:
cbcalc -s TypeII_REs.tsv -o out.tsv sequence.fastaРезультат её работы: out.tsv
Отсортируем полученный файл:
sort -k5,5g out.tsv > out_new.tsvПосле сортировки: out_new.tsv
Чтобы отобрать наиболее недопредставленные сайты использовал порог контраста 0.8. Отфильтровал с помощью команды:
cut -f 5 TypeII_REs.tsv |paste - TypeII_REs.tsv |grep -E 'no'| cut -f 2-> file.txtРезультат её работы: file.txt
Отлично. После этого я написал скрипт: Ссылка
Этот скрипт фильтровал список рестриктаз, на предмет узнавания недопредставленных сайтов.
Результат его работы: final.txt
PSI-BLAST
Взял O05886. Предотвращает образование димеров 70S, вероятно, для регулирования эффективности трансляции при переходе между экспоненциальной и стационарной фазами.| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 20 | P17161.1 | 0.003 | P17160.1 | 0.005 |
| 2 | 28 | P9WMA8.1 | 0.003 | - | - |
| 3 | 29 | A0A1S4NYE3.2 | 0.004 | P33621.1 | 0.015 |
| 4 | 30 | D5CBA0.1 | 0.001 | - | - |
| 5 | 30 | P9WMA8.1 | 4e-19 | - | - |
| 6 | 30 | P9WMA8.1 | 5e-19 | - | - |