practice 2

Проекты

Занятие 2

Таксономия выбранных бактерий
- Bacillus anthracis: Bacteria > Firmicutes > Bacilli > Bacillales > Bacillaceae > Bacillus > Bacillus cerens group
- Bacillus subtilis: Bacteria > Firmicutes > Bacilli > Bacillales > Bacillaceae > Bacillus > Bacillus subtilis group
- Clostridium botulinum: Bacteria > Firmicutes > Clostridia > Clostridiaceae > Clostridium
- Clostridium tetani: Bacteria > Firmicutes > Clostridia > Clostridiaceae > Clostridium
- Streptococcus pneumoniae: Bacteria > Firmicutes > Bacilli > Lactobacillales > Streptococcaceae > Streptococcus
- Lactococcus lactis: Bacteria > Firmicutes > Bacilli > Lactobacillales > Streptococcaceae > Streptococcus
- Listeria monocytogenes: Bacteria > Firmicutes > Bacilli > Bacillales >Listeriaceae > Listeria
Название вида: Домен (Бактерии) > Тип > Класс > Порядок > Семейство > Род > Группа (где указана)
Для реконструкции дерева я выбрал рибосомный белок RS2

Выравнивание белков из выбранных бактерий
Реконструнция дерева программой fprotpars. Скобочная запись дерева: (((RS2_lismo,(RS2_bacsu,(RS2_bacan,(RS2_clote,RS2_clob1)))),RS2_laclm), RS2_strpn);

У даннго дерева две ветви, которых нет у правильного: {bacan,clote,clob1}vs.{lismo,laclm,strpn,bacsu},{bacsu,bacan,clote,clob1}vs.{lismo,laclm,strpn}. Еще у правильного ветви, которые на данном дереве не представлены: {bacan,bacsu,lismo} vs. {clote,clob1,laclm,strpn},{bacan,bacsu}vs.{lismo,clote,clob1,laclm,strpn}.

Матрица эволюционных расстояний, полученная программой fprotdist.

	RS2_bacsu	RS2_bacan	RS2_lismo	RS2_laclm	RS2_strpn	RS2_clote	RS2_clob1
RS2_bacsu	0.000000	0.131344	0.255888	0.469801	0.483367	0.500627	0.489287
RS2_bacan	0.131344	0.000000	0.208081	0.436244	0.403105	0.432377	0.460362
RS2_lismo	0.255888	0.208081	0.000000	0.525038	0.432910	0.459006	0.506580
RS2_laclm	0.469801	0.436244	0.525038	0.000000	0.262003	0.515193	0.482569
RS2_strpn	0.483367	0.403105	0.432910	0.262003	0.000000	0.511361	0.537792
RS2_clote	0.500627	0.432377	0.459006	0.515193	0.511361	0.000000	0.164856
RS2_clob1	0.489287	0.460362	0.506580	0.482569	0.537792	0.164856	0.000000

Проверка на ультраметричность:
d(RS2_strpn-RS2_laclm)=0.262003
d(RS2_laclm-RS2_bacsu)=0.469801
d(RS2_laclm-RS2_strpn)<<d(RS2_laclm-RS2_bacsu)
d(RS2_bacsu-RS2_laclm)=d(RS2_bacsu-RS2_strpn)-предполагая ультраметричность
d(RS2_strpn-RS2_bacsu)=0.483367=> предположение не верно, и отклонение 0.013566
Проверка аддитивности:
Выбрали 4 последовательности: RS2_clote, RS2_clob1, RS2_laclm, RS2_strpn
1) d(RS2_clote-RS2_clob1)+d(RS2_laclm-RS2_strpn)=0.164856+0.262003=0.426859
2) d(RS2_clote-RS2_laclm)+d(RS2_clob1-RS2_strpn)=0.515193+0.537792=1.052985
3) d(RS2_clote-RS2_strpn)+d(RS2_clob1-RS2_laclm)=0.511361+0.482569=0.993930
По предположению аддитивности 2 суммы равны и больше третьей. 2-ю и 3-ю предполагаем равными и больше 0.426859, здесь отклонение 1.052985-0.993930=0.059055

Построение деревье программой fneighbor, используя алгоритмы UPGMA и Neighbor-Joining.

UPGMA

Neighbor-Joining

Оба дерева ни в чем не противоречат правильному