Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии? - Так как не определена длина ветвей, а средняя точка определяется как середина расстояния между двумя наиболее отдаленными последовательностями.
Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA? - Оно и так укоренено
Укоренение программой retree дерева, полученного алгоритмом Neighbor Joining:
Укоренение пошло в ветвь {clote, clob1, lismo, bacan, bacsu} vs. {strpn, laclm}, что дало нам правильное дерево.
В качестве внешней группы выбрал белок RS2_ECOLI:
Дерево было построено fprotpars, так что изначально ошибочно. Собственно укоренение прошло корректно в ветвь {bacan,clote,clob1,bacsu,lismo,laclm,strpn} vs. {ecoli}.
Дерево по-прежнему неправильное. Опять-таки присутствует ветвь {сlob1, bacan, clote, bacsu} vs. {lismo, laclm, strpn}. Тем не менее, среди ветвей, не получивших большинства есть правильные: ветвь {bacan, bacsu} vs. {lismo,clote,clob1,laclm,strpn} получила поддержку 1,00, а ветвь {clote,clob1,laclm,strpn} vs. {bacan,bacsu,lismo} имеет поддержку 3,00.