Четвертый семестр    Контакты                      Проекты Заметки
Занятие 7. Классификация ферментов (ЕС).

  1. Сбор информации о своём ферменте


    2. 1. EC 1.1.1.1
    2. Alcohol dehydrogenase 4 (alt. name Aldehyde reductase). Класс EC 1.-.-.- оксиредуктазы. Катализируют ОВР. Подкласс EC 1.1.-.- действует на восстановители, содержащие CH-OH группу. Подподкласс EC 1.1.1.- акцептором электронов служит NAD(+) или NADP(+). Порядковый номер 1: алкогольдегидрогеназа. Cпецифично действуют на первичные и вторичные спирты и полуацетали; реакция окисления метанола катализируется намного хуже чем с этанолом. Алкогольдегидрогеназа животных также действует на циклические спирты

    Alcohol + NAD+ <=> Aldehyde + NADH + H+

  2. Выясните, насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями


    3. Всего обнаружено 789 последовательностей в организме Mus musculus, принадлежащих классу оксиредуктаз. Сам белок ADH4_HUMAN может находиться в двух изоформах – результат альтернативного сплайсинга. Различие между ними 1-6: MGTKGK => MLVRGPHFELQRCKTHLFSSNYLTQ. Выдача blastp мало отличается (немного другие e-value). При пороге 0.001 результат blastp:
    ADH4_MOUSE1,00E-1661.1.1.1
    ADHX_MOUSE1,00E-1341.1.1.1;1.1.1.-;1.1.1.284
    ADH7_MOUSE6,00E-1251.1.1.1
    ADH1_MOUSE8,00E-1251.1.1.1
    DHSO_MOUSE1,00E-161.1.1.14
    QORL2_MOUSE6,00E-071.-.-.-
    MECR_MOUSE2,00E-051.3.1.38
    QOR_MOUSE2,00E-041.6.5.5
    QORL1_MOUSE3,00E-041.-.-.-
    VAT1_MOUSE5,00E-041.-.-.-
    всего 10 находок. Определенная зависимость наблюдается. Последние 2 выравнивания довольно короткие (по сравнению с длиной самих белков), но координаты выровненных участков значительно перекрываются с доменами в этих самых белках, так что можно допустить что все находки – гомологи.