Четвертый семестр    Контакты                      Проекты Заметки
Занятие 8. Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

  1. Определите, в каких метаболических путях участвует ваш фермент


    2. Идентификатор гена моего фермента в KEGG: hsa:127
    Мой белок участвует в следующих процессах:
    hsa00010Glycolysis / GluconeogenesisГликолиз/глюконеогенез
    hsa00071Fatty acid metabolismМетаболизм жирных кислот
    hsa00350Tyrosine metabolismМетаболизм тирозина
    hsa00830Retinol metabolismМетаболизм ретинола
    hsa00980Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 Метаболизм ксенобиотиков, катализируемое цитохромом P450
    hsa00982Drug metabolism - cytochrome P450 Метаболизм лекарств, катализируемое цитохромом 450
    hsa01100Metabolic pathwaysМетаболические пути


    Схема гликолиза

  2. Найдите в KEGG структурные формулы заданных соединений


    3. Мои 2 вещества:
    Название на русском языке Название на английском языке Идентификатор Структурная формула
    Фумарат Fumarate C00122
    Цис-аконитат Cis-aconitate C00417

  3. Найдите метаболический путь от одного заданного вещества к другому


    4. Приемлимыми являются две находки ko00020 (TCA cycle – цикл трикарбоновых кислот) и ko00720 (Carbon fixation pathways in Prokaryotes – пути фиксации углерода у прокариот).
    Карта: цикл трикарбоновых кислот
    Путь: Фумарат → Цис-аконитат
    У данного пути направление отсутствует

    Карта: пути фиксации углерода у прокариот
    Путь: Фумарат → Цис-аконитат
    Здесь есть направление. При этом в обоих путях, заданные вещества проходят одни и те же стадии, то есть пути одинаково длинные.

  4. Сравнение метаболических путей у разных организмов


    5. Для таблицы я выбрал цепочку – цикл трикарбоновых кислот.

    Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах
    Организм Цепочка реакций возможна(да/нет/неизвестно) Обоснование
    Bacillus subtilis да Отсутствие нескольких ферментов, на мой взгляд не критично, т.к. превращения, которые они катализируют, могут пройти по иному маршруту
    Archaeoglobus fulgidus нет Присутствуют 12 ферментов из 27, причем цикл разомкнут из-за отсутствия EC 4.2.1.3.
    Arabidopsis thaliana да Для осуществления цепочки превращений есть необходимые ферменты
    Homo sapiens да Аналогично случаю с Arabidopsis

    Цикл трикарбоновых кислот Homo sapiens