JAB1/MPN домен-содержащий белок Archaeoglobus fulgidus (1OI0)

Общая структура

Данная макромолекула представлена белком, который состоит из 4 полимерных цепей (A, B, C, D), которые полностью идентичны (раздел SEQRES в PDB-файле). В биологическую единицу входит 1 цепь (белок мономерный, это отображается в PDB-файле, раздел REMARK 350).

Рисунок 1. Пространственная структура JAB1/MPN домен-содержащего белка Archaeoglobus fulgidus (1OI0)
Рисунок 2. Общий вид структуры биологической единицы

Структура отдельных цепей

Полимерные цепи идентичны, поэтому охарактеризуем их все сразу.

Данная макромолекула относится к Archaeoglobus fulgidus.

Её Uniprot ID: O28085; название - MPN domain-containing protein, функция не прописана (предположительно она не известна точно);

Мутации отсутствуют по сравнению с базой в Uniprot.

Модифицированных аминокислотных остатков нет, но есть 1 дисульфидный мостик в каждой цепи.

Вторичная структура

Рисунок 3. Вторичная структура белка с преобладанием тяжей

Малые молекулы

1. Молекулы воды: H2O, HOH;

2. Ионы цинка: Zinc ion, Zn2+ (ZN, 4 на биологическую единицу);

3. Лиганд: Trys-hydroxymethyl-methyl-ammonium, 144 (2 на биологическую единицу);

Прилагаю ссылку на отчет о малых молекулах.

Рисунок 4. Белковое окружение лиганда на расстоянии до 5 ангстрем

Взаимодействия

Были рассмотрены разные типы связей в молекуле белка. В результате различных запросов были найдены все предлагаемые типы взаимодействия аминокилотных остатков в белке, кроме стекинга.

Рисунок 5. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка.
Рисунок 6. Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот.
Рисунок 7. Солевой мостик.
Рисунок 8. Дисульфидная связь.
Рисунок 9. Все ароматические кольца белка.