Блоки во множественном выравнивании
С помощью Blast получены несколько последовательностей, гомологичные актину-1 арабидопсиса. В Jalview построено множественное выравнивание и найдены блоки, результат представлен на картинке:
Рисунок 1. Множественное выравнивание и блоки.
Обнаружено 11 блоков, из них 3 расположены изолированно, а расстояние между оставшимися не слишком велико. Таким образом можно сделать вывод, что примерно треть белка представлена консервативной последовательностью, и эти участки родственны у всех представленых белков. Проект Jalview, где можно рассмотреть детали: здесь. Блоки определяются как участки, не содержащие гэпов в выравнивании, начинающиеся и заканчивающиеся консервативной позицией и доля консервативных позиций в которых велика, а длина этого участка превышает 7 аминокислот.