1. Структура в целом
Тип макромолекул
В структуре представлен белок (трансфераза). Указано в строке HEADER TRANSFERASE (Structure Summary).
Количество полимерных цепей
В асимметрической единице (PDB-файле) присутствует 1 полимерная цепь (Chain A). Все записи ATOM содержат идентификатор цепи A (Structure → Macromolecules).
Идентичные последовательности
Цепь одна, поэтому вопрос об идентичных цепях не актуален.
Биологическая единица
Биологическая единица состоит из 3 цепей типа A (тример). Это подтверждает REMARK 350 в PDB-файле:
AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TRIMERIC и три матрицы BIOMT.2. Отдельные цепи (Chain A)
Организм
Pyrococcus abyssi (Structure Summary: Organism(s): Pyrococcus abyssi)
UniProt ID, название и функция
UniProt ID:
Название: Aspartate transcarbamoylase (аспартат транскарбамоилаза)
EC номер: 2.1.3.2 (Structure → EC)
P77918 (Structure → UniProt)Название: Aspartate transcarbamoylase (аспартат транскарбамоилаза)
EC номер: 2.1.3.2 (Structure → EC)
Мутации относительно референса UniProt
Нет мутаций Structure Summary: Mutation(s): No. В REMARK 465 PDB-файла указано только отсутствие первого остатка MET A 1.
Модифицированные аминокислотные остатки
Модифицированные остатки отсутствуют Запись MODRES в PDB-файле не найдена. Все остатки стандартные.
Ссылка на файл с записями MODRES:
Ссылка на файл с записями MODRES:
Скачать 1ML4_MODRES.txt
(файл содержит информацию об отсутствии модификаций)
3. Малые молекулы
Типы малых молекул
| 3-буквенный код | Полное наименование (Name) |
|---|---|
PAL |
N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID |
Источник: раздел Ligands на странице PDB.
Файл со строками HETATM (малые молекулы)
Для лиганда PAL и всех молекул воды подготовлен отдельный текстовый файл, содержащий все записи HETATM из оригинального PDB-файла.
Функция малых молекул (по статье)
Согласно статье (Van Boxstael et al., J. Mol. Biol., 2003):
PALA (N-фосфонацетил-L-аспартат) — бисубстратный аналог. Он был добавлен искусственно в процессе кристаллизации, чтобы получить структуру каталитической субъединицы. Молекула связывается в активном центре. Не является естественным метаболитом клетки Pyrococcus abyssi.
Источник: Van Boxstael S., Cunin R., Khan S., Maes D. J. Mol. Biol. 2003, 326:203–216. DOI: 10.1016/S0022-2836(02)01228-7