Кодировка UTF-8
FastQC	Статистика чтений
Trimmomatic	Проводит очистку чтений
SE	Одноконцевой режим
-phred33	Кодировка качества в формате Phred33
LEADING:N	Отрезает с начала рида все нуклеотиды с качеством меньше N
TRAILING:N	Отрезает с конца рида все нуклеотиды с качеством меньше N
MINLEN:N	Убирает риды длиной меньше 50

hisat2-build infile.fasta indexed	Строит индекс генома в infile.fasta и создаёт файлы indexed.1.ht2, ... indexed.8.ht2

hisat2	Картирует риды на геном
-x	Мнемоника индексных файлов
-q	Файл с ридами
-S	Файл, куда запишет выравнивания в SAM
--no-spliced-alignment	Запрещает сплайсированное выравнивание (то есть большие одинаковые гэпы у рида и генома)
--no-softclip	Запрещает концам ридов не выравниваться на геном

samtools view	Показывает выравнивание (без опций)
-b	вывод в формате .bam
-o	файл вывода

samtools sort Сортирует выравнивание
-O	Устанавливает, что вывод будет в sam, bam или cram
-o	Файл вывода
-T	Мнемоника временных файлов

samtools index 	Индексирует выравнивание для ускорения работы

samtools depth	Вычисляет глубину прочтений каждой позиции
-r	Определяет конкретный регион, для которого надо посчитать глубину

samtools mpileup Переводит файл с выравниваем в формат pileup (для каждой позиции определяет все прочтённые буквы)
-o 	Файл вывода
-u	Файл несжатый
-v	Вывод в формате VCF
-f	Референсный файл в формате fasta

bcftools call	Осуществляет вызов SNP и инделей (из файла vcf выбирает только те позиции, где есть альтернативные от референса основания)
-o 	Файл вывода
-с	Определяет оригинальный алгоритм вызова
-v	Выводит только варианты
-Ov	Определяет формат вывода как несжатый vcf

convert2annovar.pl Переводит варианты в vcf в совместимый с annovar формат
-format vcf4	Формат vcf4, файл ввода для annovar

annotate_variation.pl	Аннотирует варианты по определённой базе данных
-out	Файл вывода
-build[ver]	Сборка генома
-dbtype	Название базы данных
-filter Режим фильтрации: отбирает только те варианты, которые идентичны записи в БД (начало, конец, нуклеотиды)
-regionanno	Режим по регионам: отбирает варианты, перекрывающиеся по координатам с записями в БД (не обращает внимания на точное совпадение по позициям и нуклеотидам)