import numpy as np
from IPython.display import Image
Активируем Pymol и загрузим модель.
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd, stored
cmd.do('''
fetch 1cll, async=0
as lines, n. C+O+N+CA
zoom i. 4+5
mset 1 x1000
mview store''')
Открылось окно Pymol. Нарисуем, что есть во viewport.
cmd.png('/tmp/first_view.png')
Image(filename='/tmp/first_view.png')
Выполним задание 1: покрасим атомы, покажем в виде cartoon.
stored.r = []
cmd.iterate('1cll and n. CA','stored.r.append(resi)')
length = len(stored.r)
colors = np.linspace(1,0.5, length)
for k,i in enumerate(stored.r):
cmd.set_color('col%d' %k, [colors[k],0.5,0.75])
print([1,1,colors[k]])
cmd.set('cartoon_color','col%d' % k ,'resi %d' % int(i))
cmd.show_as('cartoon','all')
cmd.png('/tmp/first_view.png')
Image(filename='/tmp/first_view.png')
Нарисуем мультик сохраним фреймы.
for i in range(len(stored.r)):
cmd.frame((10*i)+1)
cmd.zoom( 'n. CA and i. %d+%d' % (i,i+7))
cmd.mview('store')
!mkdir task1
cmd.frame(0)
cmd.mpng('task1/', mode=1, width=480, height=360)
Соберём гифку из фреймов.
import imageio
import os
with imageio.get_writer('/tmp/movie.gif.png', format='gif', mode='I') as writer:
for img in os.listdir('task1/')[::4]:
filename = 'task1/' + img
image = imageio.imread(filename)
writer.append_data(image)
Image(filename='/tmp/movie.gif.png')