Дерево моего сайта

Создание выборки белков с одинаковыми функциями


Задача - создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и урацил-ДНК-гликозилаза.

Часть 1
Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release


Результаты поиска в базе данных UniProt белков с тем же кратким описанием (DE), что и UNG_ECOLI
Запрос Археи( Archaea) Бактерии(Bacteria) Эукариоты (Eukaryota)
"(([uniprot-Description:Uracil-DNA*] & [uniprot-Description:glycosylase*]) & [uniprot-Taxonomy:Archaea*]) " found 2 entries --- ----
"(([uniprot-Description:Uracil-DNA*] & [uniprot-Description:glycosylase*]) & [uniprot-Taxonomy:Bacteria*]) " ---- found 108 entries ----
"(([uniprot-Description:Uracil-DNA*] & [uniprot-Description:glycosylase*]) & [uniprot-Taxonomy:Eukaryota*])" ---- ---- found 18 entries

Часть 2
Описание процедуры составления выборки
Для осуществления выборки мы использовали следующие группы банков данных:


------Поиск вели на сайте SRS(Sequence Retreival System)
Для поиска я уточнил следующие признаки ID ,Description,Species,Taxonomy.
Я искал в каких из ниже перечисленных микроорганизмов есть мой белок урацил-ДНК гликозилаза:
  • Грамположительных бактерий
  • гамма-протобактерий
  • Архей
  • Эукариот

    • Часть 3


    Последовательности включались в выборку в соответствии со следующими критериями:
  • строгое соответствие функции белков эталонной
  • число последовательностей из каждой серии поиска не превышает трех

    • Результаты поиска:

    Главная страница