Семейство доменов Ldi
Для выполнения задания практикума было выбрано семейство доменов Linalool dehydratase/isomerase.
| AC pfam | PF18566 |
|---|---|
| ID pfam | Ldi |
| SEED | 51 |
| All | 361 |
| SW | 2 |
| architectures | 23 |
| 3D | 2 |
Данный домен учавствует в превращении терпеноидов в анаэробных условиях. Осуществляет 2 реакции: изомеризация гераниола в линалол и дегидратация линалола в мирцен. Поэтому в названии и указана его бифункциональность.
Домен распространен среди Бактерий и Эукариот (Fundi и Metazoa). Так же встречается у некоторых архей.
Для выравнивания была выбрана архитектура Q5B669 (содержит 22 белка) Проект
100% консервативная аминокислота - Метионин в позиции 1. Максимально достоверных блоков, включающих все последовательности нет. Максимально достоверный блок, влючающий не все последовательсти 33 - 36. На первой и последней позициях консервативные Фенилаланины. Минимально консервативный блок, маловероятно отражающий ход эволюции последовательностей 179 - 190. По достоверным блокам можно судить о эволюции последовательностей. О ходе эволюции последовательностей можно судить по блоку 33-36.
Для двух белков из исследуемого архитектурного домена был построен Dot-plot (график отражает сходство последовательностей) В качестве последовательностей для сравнения были выбраны белки A0A0U5GAQ4_ASPCI и A0A8H4P1K9_9HYPO из Aspergillus calidoustus и Fusarium albosuccineum соответственно. Это роственные организмы и ожидалось большое сходство между белками. Что и подтверждают результаты выравнивания и dot-plot
