| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTPase ObgE/CgtA | OBG_ECOLI | OBG_BACSU | 849.5 | 39.0 | 57.0 | 74 | 6 |
| DNA-directed RNA polymerase subunit alpha | RPOA_ECOLI | RPOA_BACSU | 676.5 | 43.2 | 63.1 | 23 | 7 |
| DNA helicase IV | HELD_ECOLI | HELD_BACSU | 193.0 | 30.8 | 34.3 | 302 | 39 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTPase ObgE/CgtA | OBG_ECOLI | OBG_BACSU | 856.5 | 48.4 | 68.9 | 8 | 3 | 87.9 | 80.1 |
| DNA-directed RNA polymerase subunit alpha | RPOA_ECOLI | RPOA_BACSU | 677.0 | 45.8 | 65.7 | 8 | 4 | 93.6 | 98.1 |
| DNA helicase IV | HELD_ECOLI | HELD_BACSU | 207.0 | 20.1 | 32.1 | 259 | 35 | 95.2 | 90.7 |
| algoritm | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | MOBB_ECOLI | SPEA_BACSU | 30.5 | 6.5 | 10.7 | 437 | 10 | - | - |
| water | MOBB_ECOLI | SPEA_BACSU | 39.0 | 21.5 | 41.7 | 33 | 7 | 81.1 | 32.1 |
MOBB_ECOLI - Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adapter protein
SPEA_BACSU - Arginine decarboxylase
Локальное выравнивание находит больше гомологичных участков, чем глобальное. В похожих и идентичных участках могут находиться паттерны, характерные для локализации или других общих функций.
Для выравнивания был выбран белок с мнемоникой RPOA. Поиск по UniProt выдал 815 результатов. Были выбраны белки с идентификаторами RPOA_ECOLI, RPOA_BACSU, RPOA_PRRSB, RPOA_LDVC, RPOA_ARATH, RPOA_TAKLE, RPOA_RICRO. Выравнивание производиось в командной строке при помощи программы muscle. Белки выровнялись плохо. Это может быть связано с дальним родством организмов. RPOA_PRRSB и RPOA_LDVC -- белки вирусов выровнялись между собой, длиннее белков остальных представителей. Консенсусные учатки между вирусными белками и белками других оганизмов присутствуют. Возможно это указывает на происхождение белка от вирусов. Например колонки 2518-2543 и 2306-2338. Последовательности выравниваются между собой а так же с вирусными белками. Вероятно это важный функциональный домен.
Выравнивание