Предсказание вторичной структуры тРНК
В данном практикуме с помощью программы einverted и по алгоритму Зукера с помощью ViennaRna была предсказана струркура тРНК из прошлого практикума.
Таблица 1
| Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 902-907 и 971-966 | 901-907 и 970-966 | 901-907 и 970-966 |
| D-стебель | 910-912 и 925-923 | - | 908-912 и 925-921 |
| T-стебель | 949-953 и 965-961 | - | 949-953 и 965-961 |
| Антикодоновый стебель | 937-944 и 933-926 | - | 939-943 и 931-927 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 24 | 7 | 20 |
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Cтруктура ДНК-белок: 1dsz (цепь А)
Был написан сценарий в Jmol для последовательного выделения множеств атомов: 1) кислорода 2`-дезоксирибозы (set1). 2) кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2). 3) азота в азотистых основаниях (set3).
Таблица 2. Контакты ДНК-белок в 1dsz
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| 2`-остатками дезоксирибозы | 4 | 4 | 8 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 6 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 5 | 7 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Задание 3. Схема ДНК-белковых контактов
С помощью программы nucplot была получина схему ДНК-белковых контактов.
Значимые контакты
Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов (4) Arg1261
Аминокислотный остаток наиболее важный для распознавания последовательности ДНК Arg1261
