JMol

5TOG:Polyubiquitin-B

Скачать скрипт

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
№ Имя атома 1 Имя атома 2 Длина связи(Å) Угол N-H--O(°)
Альфа-спирали
1 O(967ILE) N(1101LEU) 2,81 169,7
2 O(923LYS) N(1057LYS) 3,12 162
3 O(859LYS) N(999GLN) 3,04 155,5
Бета-тяжи
1 O(47MET) N(586VAL) 2,9 171,5
2 O(524LEU) N(109ILE) 2,94 152,2
3 O(437TYR) N(187VAL) 2,98 158

В альфа-спирали:
Средняя длина водородной связи: 2,99Å
Средний угол водородной связи: 162,4°
В бета-тяже:
Средняя длина водородной связи: 2,94Å
Средний угол водородной связи: 160,56°

Полученные данные хорошо согласуются с теоретическими: длина водородной связи 2.5Å-3.2Å[1], угол так же близок к теоретическому (180°[2])

Источники