В данном практикуме было необходимо найти информацию о белке в базах данных UniProt и UniRef, познакомиться с ними.
Получение информации о белке AHPC_AMPXN
В базе данных Uniprot была найдена информация о Алкил-гидропероксид-редуктазе С из бактерии Amphibacillus xylanus. Данные представлены в таблице 1
UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое название |
---|---|---|---|---|---|---|
AHPC_AMPXN | K0J4Q8 | WP_015010915.1 | 1WE0 | 188 | 20774 | Alkyl hydroperoxide reductase C |
Для данного белка был проведен рентгеноструктурный анализ с расширением 2.9 ангстрем, что позолило внести его в базу данных PDB. Он состоит из 10 цепочек, собранных в кольцо.
Поиск белка AHPC_AMPXN в UniRef
Белок был найден в базе данных UniRef. Результаты поиска представлены в таблице 2
Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
---|---|---|---|
UniRef100 | UniRef100_K0J4Q8 | Alkyl hydroperoxide reductase C (100%) | 2 |
UniRef90 | UniRef90_K0J4Q8 | Alkyl hydroperoxide reductase C (90%) | 2 |
UniRef50 | UniRef50_K0J4Q8 | Alkyl hydroperoxide reductase C (50%) | 9576 |
Комментарий к таблице 2. В кластерах 100% и 90% присутствуют записи только этого белка, тогда как в кластере 50% имеется очень много схожих по структуре - можно предположить, что данный белок представляет собой редкую разновидность распространенной группы белков.
Сеансы поиска в UniProt
Для знакомства с синтаксисом UniProt были проведены сеансы поиска с различными параметрами.
Поиск алкил-гидропероксид-редуктазы C
-
Поиск по рекомендованному названию белка
Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c"
Количество находок в Swiss-Prot: 34
Общее количество находок: 6203
-
Поиск алкил-гидропероксид-редуктазы по названию среди белков amphibacillus xylanus
Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c organism:"amphibacillus xylanus""
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по названию среди белков оргазимов из семейства Bacillaceae
Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c taxonomy:"Bacillaceae [186817]""
Количество находок в Swiss-Prot: 3
Общее количество находок: 266
-
Поиск по названию среди белков оргазимов из отдела Firmicutes
Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c taxonomy:"Firmicutes [1239]""
Количество находок в Swiss-Prot: 16
Общее количество находок: 834
Поиск цитохромов
-
Поиск цитохромов без ограничения на организмы
Текст запроса: "name:cytochrome"
Количество находок в Swiss-Prot: 7713
Общее количество находок: 2570961
-
Поиск цитохромов среди белков животных
Текст запроса: "name:cytochrome taxonomy:"Metazoa [33208]""
Количество находок в Swiss-Prot: 3284
Общее количество находок: 1707434
-
Поиск цитохромов среди белков зеленых растений
Текст запроса: "name:cytochrome taxonomy:"Viridiplantae [33090]""
Количество находок в Swiss-Prot: 1511
Общее количество находок: 77475
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: "name:trypsin"
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 22706
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: "name:trypsin NOT name:inhibitor"
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок: 18169
Можно предположить, что данный белок встречается у многих отдаленно родственных бактерий, так как количество записей этого белка, полученных при исследовании других представителей того же семейства и даже отдела, составляет не очень высокий процент от общего числа записей.