UniProt

В данном практикуме было необходимо найти информацию о белке в базах данных UniProt и UniRef, познакомиться с ними.

Получение информации о белке AHPC_AMPXN

В базе данных Uniprot была найдена информация о Алкил-гидропероксид-редуктазе С из бактерии Amphibacillus xylanus. Данные представлены в таблице 1

Таблица 1. Основная информация о белке AHPC_AMPXN из UniProt.
UniProt ID UniProt AC RefSeq ID PDB ID Длина белка (а.о.) Молекулярная масса (Да) Рекомендуемое название
AHPC_AMPXN K0J4Q8 WP_015010915.1 1WE0 188 20774 Alkyl hydroperoxide reductase C

Для данного белка был проведен рентгеноструктурный анализ с расширением 2.9 ангстрем, что позолило внести его в базу данных PDB. Он состоит из 10 цепочек, собранных в кольцо.

Поиск белка AHPC_AMPXN в UniRef

Белок был найден в базе данных UniRef. Результаты поиска представлены в таблице 2

Таблица 2. Кластеры UniRef, содержащие белок AHPC_AMPXN.
Раздел UniRef ID кластера Название кластера Размер кластера
UniRef100 UniRef100_K0J4Q8 Alkyl hydroperoxide reductase C (100%) 2
UniRef90 UniRef90_K0J4Q8 Alkyl hydroperoxide reductase C (90%) 2
UniRef50 UniRef50_K0J4Q8 Alkyl hydroperoxide reductase C (50%) 9576

Комментарий к таблице 2. В кластерах 100% и 90% присутствуют записи только этого белка, тогда как в кластере 50% имеется очень много схожих по структуре - можно предположить, что данный белок представляет собой редкую разновидность распространенной группы белков.

Сеансы поиска в UniProt

Для знакомства с синтаксисом UniProt были проведены сеансы поиска с различными параметрами.

Поиск алкил-гидропероксид-редуктазы C

  • Поиск по рекомендованному названию белка

    Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c"
    Количество находок в Swiss-Prot: 34
    Общее количество находок: 6203

  • Поиск алкил-гидропероксид-редуктазы по названию среди белков amphibacillus xylanus

    Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c organism:"amphibacillus xylanus""
    Количество находок в Swiss-Prot: 1
    Общее количество находок: 1

  • Поиск по названию среди белков оргазимов из семейства Bacillaceae

    Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c taxonomy:"Bacillaceae [186817]""
    Количество находок в Swiss-Prot: 3
    Общее количество находок: 266

  • Поиск по названию среди белков оргазимов из отдела Firmicutes

    Текст запроса: "name:alkyl name:hydroperoxide name:reductase name:c taxonomy:"Firmicutes [1239]""
    Количество находок в Swiss-Prot: 16
    Общее количество находок: 834

Поиск цитохромов

  • Поиск цитохромов без ограничения на организмы

    Текст запроса: "name:cytochrome"
    Количество находок в Swiss-Prot: 7713
    Общее количество находок: 2570961

  • Поиск цитохромов среди белков животных

    Текст запроса: "name:cytochrome taxonomy:"Metazoa [33208]""
    Количество находок в Swiss-Prot: 3284
    Общее количество находок: 1707434

  • Поиск цитохромов среди белков зеленых растений

    Текст запроса: "name:cytochrome taxonomy:"Viridiplantae [33090]""
    Количество находок в Swiss-Prot: 1511
    Общее количество находок: 77475

Поиск трипсинов

  • Поиск по слову "трипсин"

    Текст запроса: "name:trypsin"
    Количество находок в Swiss-Prot: 312
    Общее количество находок: 22706

  • Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы

    Текст запроса: "name:trypsin NOT name:inhibitor"
    Количество находок в Swiss-Prot: 101
    Общее количество находок: 18169

Можно предположить, что данный белок встречается у многих отдаленно родственных бактерий, так как количество записей этого белка, полученных при исследовании других представителей того же семейства и даже отдела, составляет не очень высокий процент от общего числа записей.