Задание 1
Для этого задания я выбрал белок глюкагон
Gencode ID | ENSG00000115263 |
---|---|
Короткое имя гена | GCG |
Цепь | обратная |
Хромосома | 2 |
Плечо и полоса | chr2:q24.2 |
Число альтернативных продуктов (транскриптов) | 2 |
Номер транскрипта | Gencode ID транскрипта | Координаты транскрипта в хромосоме (включая UTR) | Число экзонов | Длина последовательности белка |
1 | ENST00000418842.7 | chr2:162,142,882-162,152,247 | 6 | 180 aa |
2 | ENST00000375497.3 | chr2:162,143,905-162,152,404 | 6 | 180 аа |
Было получено изображение с указанными треками:
Задание 2
Выравнивание с гомологичным геном шимпанзе было получено с сайта Ensembl по инструкции, указанной в заданиях. Для получения информации о выравнивании была использована команда infoalign align.fa -html -only -name -seqlength -alignlength -diffcount -change result.html
Name | Sequence length | Alignment length | Diffefent positions | Change |
homo_sapiens_1-9530 | 9523 | 9530 | 0 | 0.073452 |
pan_troglodytes_1-9530 | 9510 | 9530 | 88 | 1.133263 |
Исходя из таблицы, эти гены различаются на 0.92%, в то время как по всему геному процент различий равен 1.23% (Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome, Nature 437, pages 69–87(2005))