Практикум 10

Задание 1

Для этого задания я выбрал белок глюкагон

Gencode ID ENSG00000115263
Короткое имя гена GCG
Цепь обратная
Хромосома 2
Плечо и полоса chr2:q24.2
Число альтернативных продуктов (транскриптов) 2

Номер транскрипта Gencode ID транскрипта Координаты транскрипта в хромосоме (включая UTR) Число экзонов Длина последовательности белка
1 ENST00000418842.7 chr2:162,142,882-162,152,247 6 180 aa
2 ENST00000375497.3 chr2:162,143,905-162,152,404 6 180 аа

Было получено изображение с указанными треками:

Задание 2

Выравнивание с гомологичным геном шимпанзе было получено с сайта Ensembl по инструкции, указанной в заданиях. Для получения информации о выравнивании была использована команда
infoalign align.fa -html -only -name -seqlength -alignlength -diffcount -change result.html

Name Sequence length Alignment length Diffefent positions Change
homo_sapiens_1-9530 9523 9530 0 0.073452
pan_troglodytes_1-9530 9510 9530 88 1.133263

Исходя из таблицы, эти гены различаются на 0.92%, в то время как по всему геному процент различий равен 1.23% (Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome, Nature 437, pages 69–87(2005))