Был загружен проект по секвенированию бактерии Buchnera aphidicola с кодом доступа SRR4240356
Ниже представлена таблица со всеми использованными командами:
| Команда | Описание |
| java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240356.fastq SRR4240356_noadapters.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7 | ILLUMINACLIP удаляет остатки адаптеров adapters.fasta - файл со всеми адаптерами Illumina из директории /P/y18/term3/block3/adapters |
| java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240356_noadapters.fastq SRR4240356_trimmed.fastq TRAILING:20 MINLEN:32 | Были обрезаны с конца нуклеотиды с качеством ниже 20, а также убраны все последовательности длиной менее 32 нк |
| fastqc SRR4240356 | Провека качества чтений |
| velveth velveth 31 -fastq -short SRR4240356_trimmed.fastq | Подготовка k-меров (k = 31). -short - риды короткие и непарные. |
| velvetg velveth | Сборка контигов на основе k-меров |
До удаления адаптеров было 7511529 чтений, после осталось 7358438, то есть адептеров было ~ 2%. Потом были удалены нуклеотиды с концов с качеством чтения ниже 20 и чтения длиной менее 32 нуклеотиов.
В результате осталось 7053346 чтений. При удалении остатков адаптеров размер первонального файла уменьшился с 758М до 743М. В после процедуры триммирования, размер файла составил 711M.
Ниже приведены оценки качества чтений.
До триммирования: 
После триммирования:
Сборка контигов
N50 = 65554
Наиболее длинные контиги:
| номер | длина | покрытие |
|---|---|---|
| 8 | 111962 | 38.66 |
| 6 | 107488 | 34.17 |
| 10 | 80939 | 37.52 |
Было произведено выравнивание трёх самых длинных контигов с хромосомой Buchnera aphidicola при помощи megablast
- Контиг 8. Координаты в хромосоме 528794..550219, Identity 81%, query cover 75%, 545 гэпов (2%). Карта локального сходства:
Контиг и хромомосома имеют одинаковое направление. blast выделил 15 участков выравнивания - Контиг 6. Координаты в хромосоме 266073..275551 , Identity 79%, query cover 74%, 363 гэпа (3%) Карта локального сходства:
Контиг и хромомосома имеют одинаковое направление Участок лег более фрагментарно, чем предыдущий. - Контиг 10. Координаты в хромосоме 127825..140555, Identity 75%, query cover 75%, 544 гэпа (4%) Карта локального сходства:
Контиг и хромомосома имеют разное направление