Задание 1
A-форма B-форма Z-формаЗадание 2
Была рассмотрена B-форма ДНК (1bna). В сторону малой бороздки обращены атомы: 16:B.N9, 16:B.C4, 16:B.N3, 16:B.C2, 16:B.N2 В сторону большой бороздки обращены атомы: 16:B.C8, 16:B.N7, 16:B.C5, 16:B.C6, 16:B.O6
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (ангстрем) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 9.49A [DG]7:A.P - [DA]27:B.P |
20.58A [DG]7:A.P - [DG]29:B.P |
14.18A [DC]10:A.P - [DC]16:B.P |
| Ширина малой бороздки | 18.5A [DA]27:B.P - [DT]18:A.P |
13.2A [DA]39:B.P - [DG]7:A.P |
23.51A [DC]14:B.P - [DC]2:A.P |
*Для Z-формы ширина измеряется неоднозначно, в таблице приведен один из возможных вариантов.
Задание 3
При помощи программ find_pair и analyze из пакета 3DNA была проанализирована структура тРНК 1evv. Ниже приведены торсионные углы. ольше всего структура похожа на A-форму ДНК, это же говорит и анализ 3DNA.
| Strand1 | ||||||||
| base | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| 1 | G | --- | -172.2 | 178.7 | 101.1 | -166.1 | -43.9 | 169.2 |
| 2 | C | -134.3 | -120.6 | 52.8 | 82.5 | -175.1 | -59.6 | -154.2 |
| 3 | G | -99.8 | 173.3 | 82.9 | 78.5 | -144.4 | -83.7 | -169.1 |
| 4 | G | -69.9 | 161.6 | 66.3 | 81.2 | -153.8 | -64.8 | -175.4 |
| 5 | A | -73.5 | -175.0 | 51.0 | 83.9 | -151.0 | -66.3 | -160.8 |
| 6 | U | -69.0 | 164.8 | 64.2 | 79.6 | -151.4 | -75.9 | -172.0 |
| 7 | U | -53.6 | -180.0 | 58.0 | 138.4 | -99.8 | -58.9 | -127.8 |
| 8 | c | 50.3 | 172.6 | 40.7 | 84.7 | -152.7 | -77.3 | -172.3 |
| 9 | U | -48.3 | 177.4 | 37.0 | 85.0 | -149.6 | -79.8 | -165.1 |
| 10 | G | -41.5 | 174.5 | 30.8 | 87.2 | -154.6 | -73.0 | -154.9 |
| 11 | U | -62.9 | 167.1 | 50.5 | 81.4 | -160.0 | -66.5 | -167.7 |
| 12 | G | -59.6 | 173.1 | 53.8 | 83.4 | -167.0 | -60.4 | -173.3 |
| 13 | t | -85.6 | -167.6 | 58.0 | 80.1 | -136.0 | -68.8 | -156.1 |
| 14 | P | -53.7 | 170.2 | 44.2 | 79.7 | -142.3 | -71.7 | -153.2 |
| 15 | A | -65.5 | 149.0 | 58.5 | 80.1 | -151.0 | -64.3 | -154.5 |
| 16 | A | -93.5 | -174.6 | 60.3 | 75.3 | -146.6 | -62.2 | -173.4 |
| 17 | P | -82.9 | 179.9 | 69.4 | 84.4 | -151.5 | -69.3 | -172.9 |
| 18 | c | -90.8 | 168.7 | 74.2 | 81.3 | -141.7 | -96.3 | -176.3 |
| 19 | U | 41.1 | 162.3 | -47.4 | 99.2 | -152.5 | -68.5 | -155.8 |
| 20 | G | -57.3 | 162.1 | 58.1 | 83.3 | -156.7 | -80.8 | -170.1 |
| 21 | G | -53.1 | 168.4 | 51.4 | 83.8 | -151.2 | -77.8 | -160.0 |
| 22 | A | -71.8 | 156.4 | 70.0 | 84.2 | -140.0 | -57.8 | -158.3 |
| 23 | g | -177.7 | 148.4 | 57.0 | 91.2 | -134.6 | -76.3 | 173.4 |
| 24 | C | -75.1 | 179.0 | 58.4 | 89.4 | -145.8 | -71.1 | -161.4 |
| 25 | U | -69.4 | 173.0 | 49.4 | 82.8 | -162.0 | -73.4 | -160.1 |
| 26 | C | 138.0 | -155.7 | -163.9 | 79.3 | -169.9 | -79.1 | -168.2 |
| 27 | A | 131.3 | 177.1 | -153.1 | 91.4 | -117.3 | -65.5 | -175.3 |
| 28 | G | -50.0 | 160.2 | 41.4 | 80.4 | -141.7 | -160.7 | -166.8 |
| 29 | G | -76.7 | 176.6 | 59.6 | 157.4 | -88.9 | -83.1 | -79.7 |
Затем были найдены стебли в структуре, их координаты представлены ниже.
Strand I Strand II Helix
1_:[..G]G-----C[..C]:..72
2_:[..C]C-----G[..G]:..71
3_:[..G]G-----C[..C]:..70
4_:[..G]G-*---U[..U]:..69
5_:[..A]A-----U[..U]:..68
6_:[..U]U-----A[..A]:..67
7_:[..U]U-----A[..A]:..66
49_:[5MC]c-----G[..G]:..65
50_:[..U]U-----A[..A]:..64
51_:[..G]G-----C[..C]:..63
52_:[..U]U-----A[..A]:..62
53_:[..G]G-----C[..C]:..61
38_:[..A]A-**--c[OMC]:..32
39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31
40_:[5MC]c-----G[..G]:..30
41_:[..U]U-----A[..A]:..29
42_:[..G]G-----C[..C]:..28
43_:[..G]G-----C[..C]:..27
44_:[..A]A-**--g[M2G]:..26
10_:[2MG]g-----C[..C]:..25
11_:[..C]C-----G[..G]:..24
12_:[..U]U-----A[..A]:..23
13_:[..C]C-----G[..G]:..22
Кроме того было обнаружено 6 стабилизирующих водородных связей:
54_:[5MU]t-**--a[1MA]:..58
55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18
14_:[..A]A-**--U[..U]:...8
15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48
19_:[..G]G-----C[..C]:..56
36_:[..A]A-**--U[..U]:..33
Из всех найденных пар 9 - неканонические (1 G-U, 2 5MC-G, 1 A-OMC, 1 PSU-A, 1 A-M2G, 1 2MG-C, 1 5MU-1MA, 1 PSU-G)