Практикум 7

Задание 1

Эукариотический организм
Название Agapornis roseicollis (Розовощекий неразлучник)
Описание Небольшой (17 см) красивый попугайчик. В дикой природе обитает в в юго-западной африке (Ангола, Намибия, ЮАР), живут стайками. Один из самых популярных домашних попугаев. Как и всех неразлучников, их содержат парами, они очень привязываются к партнеру, и тоскуют в его отсутствие.
Картинка Parrot
Источник
Число сборок генома 1
Лучшая сборка
Название ASM263189v1
AC сборки из GenBank GCA_002631895.1
Assembly level Scaffold
Общая длина последовательности 1121789902
Число скэффолдов 52900
Число конигов 110306
Scaffold N50 118346
Scaffold L50 2644
Contig N50 28585
Contig L50 10661
Число аннотированных белков 0
Ссылка на публикацию с описанием проекта Ссылка
Ссылка на файл Ссылка

Задание 2

Прокариотический вирус
Где и как искали, текст запроса В расширенном поиске NCBI был сделан запрос:
(Myoviridae[Organism]) AND 70000:80000[Sequence Length] AND complete genome
Находок в GenBank и RefSeq (NCBI) GenBank: 30
RefSeq: 9
AC нуклеотидной записи NC_021321
Латинское название и TaxID вида Halovirus HRTV-8
TaxID: 1273755
Тип генома ds-DNA linear
Хозяин вируса Архея (Halobacteria)
Ссылка на файл с участками генома, предположительно кодирующими белки Файл был получен так: Send to => галочка Coding Sequences => FASTA Nucleotide

Задание 3

Описание ключей, используемых в таблице особенностей
Название Описание Пример
intron Участок ДНК, который транскрибируется, но вырезается в результате сплайсинга Из NC_017755
165..1682
/gene="nad2"
/locus_tag="HusqMp01"
/note="group II intron"
/number=1
mat_peptide Последовательность, кодирующая зрелый белок (белок после посттрансляционных модификаций). Последовательность не включает стоп-кодон, в отличие от CDS Из LR025083
complement(427783..429510)
/gene="ftsI"
/locus_tag="SECINSTRO3249_0238"
/product="Peptidoglycan D,D-transpeptidase 
FtsI, mature peptide"
/EC_number="3.4.16.4"
/function="Essential cell division protein
that catalyzes cross-linking of the 
peptidoglycan cell wall at the division 
septum. Required for localization of FtsN"
/inference="EXISTENCE: non-experimental 
evidence, no additional details 
recorded:PMID:2681146"
misc_feature Участок, представляющий биологический интерес, который не может быть описан каким-либо другим ключом из-за его неизвестной или редкой функции Из NC_044958
complement(5628..5855)
/gene="mp-MGF 110-2L"
/locus_tag="F8224_gp010"
/old_locus_tag="E75_009"
/product="unnamed"
/function="110 Multigene"
/protein_id="YP_009704146.1"
centromere Участок, представляющий биологический интерес, который был определен как центромера и описанный эксперементально Из NC_001148
556049..556073
/note="CEN16_CDEIII of CEN16"
operon Участок, содержащий цистоны, включающий кластер генов, управляемый одними и теми же регуляторными последовательностями/промоторами и участвующие в одном и том же биологическом пути Из LR025083
815293..816996
/operon="rnc-era"
/note="rnc,era"
regulatory Участок последовательности, который участвует в регуляции транскрипции, трансляции репликации или в структуре хроматина Из CP026527
complement(110011..110122)
/regulatory_class="riboswitch"
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00059"
/inference="COORDINATES: 
profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="TPP riboswitch; Derived 
by automated computational
analysis using gene prediction 
method: cmsearch."
/bound_moiety="thiamine pyrophosphate"
/db_xref="RFAM:RF00059"
stem_loop Участок, в виде шпильки, формируемый в результате попарных взаимодействий между комплитентарными участками одной цепи РНК или ДНК Из KM258882 
111277..111372
/note="OriS (a); contains an miRNA 
and the OBP Box I; lacks OBP 
boxes II and IIIl unlike 
OriS (b) and (c), OriS
(a) lacks the essential Ori 
structural elements of a
typical functional OriS"