Альтернативные положения, B-фактор, кристалл Задание 1. Альтернативные положения
В данном задании рассматривалась структура 7O4P и её остаток ARG140, у которого есть 2 альтлока. Альтлок А связан двумя водородными связями с глутамином 44 и глицином 47, а также "водяным мостиком" с валином 159. Альтлок В связан водородной связью с валином 159 и "водяным мостиком" с глицином 47. На мой взгляд, альтлок А должен быть более стабильным, так как он стабилизируется большим числом водородных связей. Однако данные о населенности, полученные из PBD файла говорят о том, что два этих альтлока представлены практически равноценно (населенность 0.51 для альтлока А и 0.49 для альтлока В)
.
Альтернативные конформации аргинина 140. Слева - альтлок А, справа - альтлок В
Задание 2. B-фактор
На рисунке ниже изображена раскраска остова структуры 7O4P по B-фактору. Практически весь белок покрашен синим, и красными оказываются только его концевые участки, что объясняется их большей подвижностью, из-за чего происходит размытие электронной плотности.
.
Раскраска остова белка по B-фактору
Если рассматривать не только остов, но и боковые группы, то обнаруживается сходная зависимость: в красный окрашены только некоторые торчащие наружу белка остатки
Раскраска всего белка по B-фактору
Рассмотрим один из таких остатоков с достаточно высоким значением B-фактора - аспартат 123. Для него построим отображение электронной плотности с помощью isomesh с различными значениями подрезки (1 и 2). Для значения равного 1 мы наблюдаем отображение электронной плотности вокруг всех атомов. Для значения равного 2 электронная плотность отображается только для атомов остова и ближайшего к нему углерода из радикала, тогда как её отображение для атомов с высоким значением B-фактора пропадает
.
Электронная плотность для аспартата 123. Слева значение подрезки 1, справа 2.
Задание 3. Соседи
В этом задании были показаны все соседи данного белка в кристале, для построения использовалось значение отсечки 20, а также были отмечены все молекулы, непосредственно взаимодействующие с исходной, таких оказалось 5.
.
Слева изображены соседи белка в кристале с отсечкой 20. Справа все молекулы, с которыми непосредственно взаимодействует белок